Ingénierie enzymatique
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Abstrait

Propension à la purification des protéines de Bacillus halodurans

Shaomin Yan et Guang Wu

La demande de protéines à usage spécifique augmente considérablement. Ces protéines sont généralement obtenues par des protéines recombinantes, mais leur purification est coûteuse et difficile. Il est donc important de développer une méthode permettant d'estimer au préalable les chances de purification afin d'avoir une perspective sur les protéines en question. La purification d'une protéine doit être liée aux propriétés instinctives d'une protéine, y compris sa structure 3D, et jusqu'à présent, environ 540 propriétés d'acides aminés ont été trouvées. Il est donc possible de tester chaque propriété d'acide aminé par rapport au taux de réussite de la purification des protéines pour déterminer quelle propriété est la plus adaptée pour estimer la propension à la purification. Dans cette étude, chacune des 535 propriétés a été testée par rapport à 438 protéines purifiées et 429 protéines impossibles à purifier de Bacillus halodurans en utilisant la régression logistique et le modèle de réseau neuronal. L'analyse ROC a été appliquée à la sensibilité et à la spécificité résultantes. Les résultats montrent que les propriétés de composition en acides aminés étaient généralement moins utiles pour estimer la propension à la purification, tandis que les propriétés physicochimiques des acides aminés, les structures secondaires et les propriétés dynamiques étaient plus utiles et les propriétés dynamiques étaient plus prometteuses. Par conséquent, plusieurs types de propriétés protéiques peuvent servir à déterminer la propension à la purification des protéines et ont le potentiel de réduire les coûts et d'accélérer la production dans les domaines microbiologiques et biotechniques.