Conception de médicaments : accès ouvert
Libre accès
ISSN: 2169-0138
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Arya Duncan, Juchara Margetson, Jada Roberts, Taquanna Baron, Neelam Buxani
La pandémie de Covid-19, avec 74 299 042 cas confirmés dont 1 669 982 décès, signalés dans le monde entier par l'OMS (consulté à 13h21 EST le 20/12/2020), est l'une des situations les plus difficiles auxquelles l'humanité est confrontée actuellement. Bien que certains vaccins pour traiter cette maladie catastrophique aient été développés rapidement, il est toujours nécessaire d'explorer les thérapies alternatives les plus potentielles. À la recherche de nouveaux candidats médicaments pour traiter cette pandémie, une étude de criblage virtuel basée sur la structure a été menée sur les 125 composés isolés des plantes médicinales indigènes des Caraïbes comme l'Aloe vera, la citronnelle, le Moringa Olifera et le Lignum vitae, pour déterminer leur potentiel inhibiteur contre trois principales cibles médicamenteuses du SRAS CoV-2 ; Français protéase principale (PDB ID : 6LZE), nsp 15 (PDB ID : 6WLC) et ARN polymérase dépendante de l'ARN (PDB ID : 7BV2) du SARS-CoV-2. Le flux de travail de criblage virtuel a été réalisé à l'aide de la suite de découverte de médicaments à petites molécules de Schrödinger, dans laquelle les composés ont été préparés et amarrés dans les sites actifs des trois protéines. Le ligand co-cristallisé de chaque protéine a été utilisé comme contrôle positif et tous les scores d'amarrage ont été comparés à celui-ci. Sur 125 composés, 37 ont montré une interaction d'amarrage favorable avec les protéines par rapport au ligand natif. 13 composés ont montré un excellent score d'amarrage contre 6LZE, parmi lesquels le score d'amarrage le plus négatif (-11,962) était celui de la rutine par rapport au ligand natif (-8,095), et il a également montré une énergie de liaison Prime MMGBSA plus négative - 70,54 kcal/mol. Français Dans le cas de 7BV2, 35 composés ont montré de meilleurs résultats d'amarrage que le ramdesivir natif (-4,566), le score d'amarrage (-8,194) de la vicenine-2 était le meilleur, il présentait également presque la même énergie de liaison du complexe (-44,54 Kcal/mol) que le ramdesivir. Dans le cas de 6 WLC, dans le site 1, l'orientine a montré le noyau d'amarrage le plus négatif (-10,896), tandis que dans le site 2, le score d'amarrage de la swertiajaponine est de -12,364. Les propriétés pharmacocinétiques (ADME) de 37 composés ont également été calculées pour déterminer la similarité médicamenteuse des inhibiteurs potentiels. Cette étude fournit quelques molécules principales qui pourraient être utiles à la conception de médicaments pour le traitement des maladies à coronavirus.