ISSN: 2456-3102
Jocelyn De Wever
Les études sur la diversité génétique des plantes sont d'une grande importance pour les stratégies efficaces de conservation et de ressources des plantes (par exemple, la lutte contre les erreurs d'étiquetage, la conservation du matériel génétique précieux, l'analyse de la parenté et les études sur la diversité génétique) car elles contribuent à une meilleure connaissance du contexte génétique et de la diversité de plantes spécifiques. Ces études sont le plus souvent analysées à l'aide de méthodes de génotypage simples et efficaces utilisant des marqueurs génétiques, tels que les SSR, mais les SNP suscitent de plus en plus d'intérêt. Récemment, une méthode rentable basée sur la qPCR a été proposée à des fins de génotypage SNP, appelée doublemismatch allele-specific (DMAS) qPCR comme alternative bon marché à la méthode à 1 échantillon et multilocus, basée sur une lecture simple de la technologie qPCR basée sur un colorant de liaison à l'ADN. Sa conception, son optimisation, sa validation et son application sur Theobroma cacao L., une importante culture commerciale impliquée dans la production de chocolat, se sont avérées fructueuses. Elle a offert des connaissances précieuses sur le contexte du cacao qui est souvent en proie à des erreurs d'étiquetage et à des ressources de gestion inefficaces et limitées. La méthode, optimisée ici, s'est avérée efficace à 98,05 % pour identifier le bon génotype de cacao et a identifié 15,38 % de hors-types et deux doublons dans une population de cacao reconnue internationalement (n=65), en utilisant une quantité limitée de marqueurs (n=42). De plus, seuls 13 marqueurs ont été nécessaires pour différencier toutes les accessions analysées. Notamment, la méthode décrite peut être facilement optimisée et mise en œuvre dans n'importe quel laboratoire de biologie moléculaire pour une large gamme d'objectifs et d'organismes, par exemple la détection de mutations et pour faciliter la cartographie des gènes et la sélection assistée par marqueurs à des fins de sélection.