Conception de médicaments : accès ouvert
Libre accès

Abstrait

Analyse de l'interaction, de la dynamique et de la stabilité de certains liants de sillons mineurs avec le dodécamère B-ADN 5' (CGCAAATTTGCG)-3'

Anwesh Pandey, Anurag Upadhyaya, Suresh Kumar, Anil Kumar Yadav

L'acide désoxyribonucléique (ADN) est une cible cellulaire connue pour de nombreux agents antibactériens et anticancéreux en raison de ses tendances d'expression génétique. L'interaction des médicaments avec l'acide nucléique est l'une des caractéristiques importantes de la pharmacologie et joue un rôle significatif dans la compréhension du mécanisme d'action des médicaments et dans la conception de médicaments plus efficaces avec des effets secondaires minimes. Les furanes sont connus depuis longtemps et on prétend souvent qu'ils possèdent diverses tendances médicinales et thérapeutiques. Dans le travail de recherche actuel, deux classes de molécules, à savoir les 2,4-bis(4-amidinophényl)furanes et les diamidino 2,5-diarylfuranes inversés, ont été étudiées par ordinateur pour leurs forces de liaison relatives et leurs tendances à la formation de complexes stables avec l'ADN (PDB Id : 4AH0). L'amarrage moléculaire a été effectué pour prédire la poche de liaison du médicament à proximité de l'ADN et la dynamique moléculaire a été réalisée pour étudier la dynamique d'interaction à l'appui du mode de liaison prédit. L'amarrage a révélé que le site de liaison était une région riche en AT, comme le préfèrent les liants à rainure mineure. Français L'analyse RMSD et RMSF a été réalisée à partir des résultats obtenus à partir d'études MD ; la première étude a révélé que les ligands restent liés aux positions de liaison préférées de l'ADN sans déviations considérables dans son sillon mineur ; cependant, la seconde a révélé que la structure topologique de l'ADN restait intacte pendant toute la durée de la simulation, déduisant la stabilité des complexes médicament-ADN. Cette étude décrit les propriétés et la dynamique de l'ADN sur l'interaction avec les dérivés du furane, en tenant compte de la déformation lors de la liaison qui peut jouer un rôle important dans la découverte d'un nouveau liant du sillon mineur en tant que régulateur de l'expression des gènes. Dans cette étude, nous avons également effectué une analyse des orbitales de liaison naturelle (NBO) à l'aide du progiciel Gaussian 09 pour le calcul de la liaison et de l'interaction orbitales intra et intermoléculaires dans la structure chimique électronique optimisée, en particulier le transfert de charge et le gain d'énergie de stabilisation.