ISSN: 1745-7580
Contexte Le nombre de récepteurs antigéniques, d'immunoglobulines (IG) ou d'anticorps et de récepteurs des cellules T (TR) de la réponse immunitaire adaptative chez les vertébrés à mâchoires est presque illimité (2.1012 par individu chez l'homme). Cette grande diversité résulte de mécanismes complexes dans la synthèse des domaines variables (V), qui incluent des réarrangements moléculaires de l'ADN des gènes V, de diversité (D) et de jonction (J), de N-diversité aux jonctions V-(D)-J et, pour les IG, des hypermutations somatiques. La spécificité des domaines V est conférée par les régions déterminant la complémentarité (CDR) et plus particulièrement le CDR3. IMGT®, le système international d'information ImMunoGeneT-ics®, a développé des outils en ligne qui fournissent une analyse de séquence détaillée et précise des domaines V (IMGT/V-QUEST) et CDR3 (IMGT/JunctionAnalysis), basée sur IMGT-ONTOLOGY. Cependant, les analyses en ligne sont limitées à 50 séquences par lot. Le défi était de fournir une analyse de haute qualité identique pour le grand nombre de séquences obtenues par séquençage à haut débit et en profondeur de nouvelle génération (NGS). Résultats IMGT® a développé IMGT/HighV-QUEST qui analyse jusqu'à 150 000 séquences de domaine IG ou TR V par lot et effectue une analyse statistique sur les résultats de jusqu'à 450 000 séquences. IMGT/HighV-QUEST fournit aux utilisateurs : (i) une interface Web conviviale pour la soumission et la récupération des résultats, (ii) des résultats détaillés de haute qualité d'IMGT/V-QUEST et d'IMGT/JunctionAnalysis, basés sur les concepts IMGT-ONTOLOGY et les règles de diagramme IMGT Scientific, (iii) un cadre standardisé pour l'analyse statistique NGS, basé sur la « catégorie de résultats » (« 1 copie », « Plus d'une », « un seul allèle », « plusieurs allèles (ou gènes) »), (iv) des tableaux et histogrammes d'analyse statistique standardisés détaillés (par exemple, utilisation de V, D et J, longueurs de CDR3-IMGT). Conclusions IMGT/HighV-QUEST est disponible gratuitement pour une utilisation par les universitaires sur la page d'accueil d'IMGT® (http://www.imgt.org) depuis octobre 2010. Plus de 123 millions de séquences ont été soumises au cours de sa première année. IMGT/HighV-QUEST est un élément clé pour établir des répertoires fiables de domaines IG et TR V. Ces répertoires contribueront aux profils immunologiques individuels dans diverses situations immunitaires et sur différentes populations de cellules B et T. Ils contribueront également à caractériser des anticorps thérapeutiques potentiels à partir de bibliothèques combinatoires.