Journal des sciences théoriques et computationnelles
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Abstrait

Expansion du répertoire de gènes de micro-ARN humains dans la lignée humaine après la divergence des singes de l'Ancien et du Nouveau Monde

Reiko F Kikuno

Il a été largement postulé que les micro-ARN (miARN) ont joué un rôle important dans l'obtention de la complexité morphologique au cours de l'évolution des eumétazoaires, car le répertoire de miARN n'a cessé d'augmenter avec la complexité accrue des génomes des bilatériens et des vertébrés. En particulier, le répertoire de miARN est considérablement élargi chez l'homme. Pour examiner comment les miARN ont changé au cours du processus d'évolution des primates, nous avons estimé les origines évolutives de 1 527 miARN humains actuels le long de la lignée humaine, après la divergence des mammifères euthériens. Nous avons construit un profil évolutif des gènes de miARN, basé sur la présence et l'absence des orthologues fonctionnels connus et prédits chez six espèces de primates non humains : chimpanzé, gorille, orang-outan, gibbon, macaque et ouistiti et trois mammifères euthériens représentatifs : bovin, chien et souris. Les orthologues fonctionnels ont été prédits par de multiples alignements de séquences génomiques et des recherches BLAST, suivis de quatre étapes de filtrage. Le nombre de gènes et de familles de gènes miRNA a augmenté de façon spectaculaire dans la lignée des singes de l'Ancien Monde, après la divergence de l'ancêtre commun avec les singes du Nouveau Monde, à un rythme environ sept fois plus élevé qu'au stade antérieur de l'évolution des primates. Les taux d'expansion des gènes et des familles de gènes miRNA ont légèrement diminué chez les hominoïdes. Les comparaisons du nombre de gènes avec celui des familles de gènes acquises à chaque période évolutive suggèrent que la génération de gènes de novo, plutôt que la duplication de gènes, a considérablement contribué à la génération de nouveaux gènes miRNA.