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Abstrait

Une ontologie pour les épitopes immunitaires : application à la conception d'une base de données à large portée sur les réactivités immunitaires

Muthuraman Sathiamurthy, Bjoern Peters, Huynh-Hoa Bui, John Sidney, John Mokili, Stephen S Wilson, Ward Fleri, Deborah L McGuinness, Philip E Bourne and

Les épitopes peuvent être définis comme des structures moléculaires liées à des récepteurs spécifiques, qui sont reconnus lors des réponses immunitaires. Le projet Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB) cataloguera et organisera les informations concernant les épitopes d'anticorps et de cellules T provenant d'agents pathogènes infectieux, d'antigènes expérimentaux et d'auto-antigènes, avec une priorité sur les agents pathogènes de catégorie AC du NIAID (http://www2.niaid.nih.gov/Biodefense/bandc_priority.htm) et les maladies infectieuses émergentes/réémergentes. Les caractéristiques structurelles et phylogénétiques intrinsèques, ainsi que les informations relatives aux interactions des épitopes avec le système immunitaire de l'hôte seront cataloguées. Description : Pour représenter et communiquer efficacement les informations relatives aux épitopes immunitaires, une ontologie formelle a été développée. La sémantique du domaine de l'épitope et les concepts associés ont été capturés sous forme d'une hiérarchie de classes, qui représentent les relations générales et spécialisées entre les différents concepts. Une liste complète des classes et de leurs propriétés est disponible sur http://www.immuneepitope.org/ontology/index.html. Conclusion : L'ontologie de l'IEDB est la première ontologie spécifiquement conçue pour capturer à la fois les informations chimiques et biochimiques intrinsèques relatives aux épitopes immunitaires et les informations relatives à l'interaction de ces structures avec les molécules dérivées du système immunitaire de l'hôte. Nous prévoyons que le développement de ce type d'ontologie et des bases de données associées facilitera la description rigoureuse des données relatives aux épitopes immunitaires et pourrait finalement conduire à des méthodes entièrement nouvelles pour décrire et modéliser les réponses immunitaires.