Journal des antiviraux et des antirétroviraux
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Abstrait

Pour sonder l'adaptabilité conformationnelle du segment GPGR conservé dans la boucle V3 du VIH-1

Sudha Srivastava et Meena Kanyalkar

Pour concevoir un vaccin efficace contre le VIH, il est important d'étudier la relation entre la diversité des séquences et les conformations des peptides déterminants neutralisants principaux (PND), la région hypervariable de gp120. Deux fragments 318-327 et 315-329 de gp120 sont cartographiés comme PND et peuvent induire une activité lymphocytaire cytotoxique spécifique du VIH-1 qui pourrait tuer les cellules infectées par le virus. Par conséquent, la conception d'une conformation plus ordonnée et biologiquement pertinente de la région immunogène de la boucle gp120-V3 peut aider à la conception d'immunogènes plus efficaces pour le développement d'un vaccin contre le VIH-1. Afin d'éclairer les préférences structurelles optimales, nous avons exploré l'adaptabilité conformationnelle de deux fragments de la boucle V3 de gp120 qui contient une séquence GPGR englobant principalement la région couronne. La spectroscopie par résonance magnétique nucléaire (RMN) et les simulations de dynamique moléculaire (MD) ont été utilisées pour cartographier la conformation dans divers systèmes de solvants tels que l'eau et l'hexafluoroacétone (HFA). Dans l'HFA, le fragment le plus grand, 315-329, montre un certain degré d'inclinaison vers la formation d'une structure secondaire. Cela indique que la longueur du fragment est cruciale pour obtenir une structure secondaire, ce qui peut être responsable du statut hypervariable de la boucle V3. Cependant, dans l'eau, les deux fragments ne montrent aucune préférence conformationnelle spécifique.