Transcriptomique : libre accès
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Abstrait

À la recherche d’un riz plus tolérant : comment des concentrations élevées de fer affectent-elles l’épissage alternatif ?

Artur Teixeira de Araujo Junior, Daniel da Rosa Farias, Railson Schreinert dos Santos, Marcelo Nogueira do Amaral, Luis Willian Pacheco Arge, Danyela de Cássia Oliveira, Solange Ferreira da Silveira Silveira, Rogério Oliveira de Sousa, Eugenia Jacira Bolacel Braga, Luciano Carlos da Maia et Antonio Costa de Oliveira

Le riz (Oryza sativa L.) est une plante vivrière de base mondiale et un organisme modèle important pour les études sur les plantes. Des rapports récents ont montré que l'épissage alternatif est affecté par de nombreuses conditions de stress, suggérant son importance pour l'adaptation aux environnements défavorables. En raison du peu d'informations sur ce sujet, cette étude visait à explorer les changements dans les schémas d'épissage qui se produisent en réponse à une concentration élevée en fer dans les solutions nutritives. Ici, nous avons quantifié différents types de jonctions et d'événements d'épissage dans le transcriptome d'un cultivar de riz relativement tolérant BRS Querência, sous excès de fer avec une concentration de 300 mg L-1 Fe+2. Les plantes conservées dans des conditions standard (témoin) présentaient 127 781 jonctions d'épissage différentes, tandis que les plantes stressées avaient 123 682 jonctions différentes. Des jonctions canoniques (98,85 % et 98,91 %), semi-canoniques (0,73 % et 0,70 %) et non canoniques (0,42 % et 0,40 %) ont été trouvées chez les plantes témoins et stressées, respectivement. La rétention d'introns était l'événement le plus fréquent (44,1 % et 47,4 %), suivie du site d'épissage 3' (22,6 % et 21,9 %), du saut d'exon (18,9 % et 17,3 %) et du site d'épissage alternatif 5' (14,4 % et 13,4 %) chez les plantes témoins et stressées, respectivement. Nous avons également trouvé 25 gènes exprimés différemment (cinq régulés à la hausse et 20 à la baisse) qui sont liés à des modifications post-traductionnelles. Ces résultats représentent une étape importante dans la compréhension de la manière dont les réponses au stress des plantes se produisent dans un génotype tolérant au fer, en découvrant de nouveaux gènes impliqués dans la réponse au stress ferreux.