Journal des sciences théoriques et computationnelles
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Abstrait

Proposition pour compléter le code génétique canonique : le code protéomique et le repliement des protéines assisté par les acides nucléiques

Jan Charles Biro

Contexte : Cette recherche a été menée pour fournir un résumé d'une série d'observations bioinformatiques entre 2002 et 2012 concernant la structure des acides nucléiques et des codons, l'interaction entre les codons et les acides nucléiques et le concept général de traduction. Méthodes : Des bases de données et des ressources publiques, ainsi que des tests pour déterminer les énergies de repliement libre dans divers résidus de codons, ont été utilisés au cours de cette étude. Résultats : Cette étude démontre que les paradigmes largement répandus dans le domaine de la biologie moléculaire devraient être modifiés. En particulier, elle suggère que les codons se sont développés en association avec les acides aminés codés, et que les bases wobble ne sont pas choisies au hasard dans les codons synonymes, car ceux-ci ont des rôles bien définis dans la détermination de la structure des acides nucléiques et de leurs énergies de repliement. De plus, le code protéomique détermine que les acides aminés colocalisés sont préférentiellement codés par des codons complémentaires (au moins aux positions du 1er et du 3e codon), et le transfert d'informations structurelles entre les acides nucléiques et les protéines pendant la traduction nécessite un contact direct entre les acides aminés « dédiés » et leurs codons. De plus, cette étude met en évidence le fait qu'il existe un cycle d'ARNt qui permet la possibilité d'un contact direct des acides aminés des codons. Conclusions : Ces observations permettent une compréhension plus complète du code génétique redondant et du mécanisme de repliement des protéines. De plus, le code protéomique offre la première possibilité réelle aux scientifiques de concevoir des peptides interactifs qui ont une affinité et une spécificité élevées pour les peptides cibles, avec le potentiel d'accélérer la croissance des tests d'affinité et l'intégration d'un grand nombre de tests d'affinité dans les puces.