Recherche immunitaire
Libre accès
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Brett Trost, Mik Bickis et Anthony Kusalik
Contexte : Les peptides dérivés d'antigènes endogènes peuvent se lier aux molécules de classe I du CMH. Ceux qui se lient avec une affinité élevée peuvent induire une réponse immunitaire CD8+, entraînant la destruction des cellules infectées. De nombreux travaux en immunoinformatique ont porté sur la prédiction algorithmique de l'affinité de liaison des peptides à divers allèles du CMH-I. Un certain nombre d'outils de prédiction de liaison au CMH-I ont été développés, dont beaucoup sont disponibles sur le Web. Résultats : Nous émettons l'hypothèse que les peptides prédits par un certain nombre d'outils sont plus susceptibles de se lier que ceux prédits par un seul outil, et que la probabilité qu'un peptide particulier soit un liant est liée au nombre d'outils qui le prédisent, ainsi qu'à la précision de ces outils. À cette fin, nous avons construit et testé une méthode heuristique de prédiction de liaison au CMH en combinant les résultats de plusieurs outils. La performance prédictive de chaque outil individuel est d'abord déterminée. Ces données de performance sont utilisées pour dériver des pondérations de sorte que les prédictions des outils avec une meilleure précision soient plus crédibles. L'outil combiné a été évalué à l'aide d'une validation croisée décuplée et s'est avéré nettement plus performant que les outils individuels lorsqu'un seuil de spécificité élevé est utilisé. Ses performances sont comparables à celles des outils individuels les plus performants à des seuils de spécificité inférieurs. Enfin, il surpasse également la combinaison des outils résultant de l'analyse discriminante linéaire. Conclusion : Une méthode heuristique de combinaison des résultats des outils individuels facilite l'analyse des grands protéomes pour les épitopes potentiels, ce qui permet d'obtenir davantage de liants à haute affinité réels tout en signalant très peu de faux positifs.