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Abstrait

Le séquençage de l'ARN monocellulaire des lignées de cellules souches cancéreuses du glioblastome révèle que l'instabilité chromosomique conduit à une organisation perturbée de la matrice extracellulaire

Rutvi Vaja

Selon la nouvelle classification 2016 de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) des cancers du système nerveux central (SNC), le glioblastome multiforme (GBM) est la tumeur maligne la plus fréquente du SNC. Le GBM contient une large gamme de modifications génétiques et épigénétiques, entraînant un grand nombre de sous-groupes de mutations, dont certains jouent un rôle dans la survie indépendante des patients et la réponse au traitement. Malgré les progrès dans le traitement du GBM, les patients diagnostiqués avec ces tumeurs ont souvent un mauvais pronostic et une faible qualité de vie à mesure que la maladie progresse. Les données traitées par séquençage à haut débit d'ARN monocellulaire pour les cellules souches cancéreuses du gliome ont été extraites de GEO-NCBI et ont été analysées pour découvrir les différences d'expression sous-jacentes dans une seule cellule souche neurale de gliome (GSC) et une cellule souche neurale normale (NSC). Nous avons effectué une analyse bioinformatique du profil transcriptionnel de 134 échantillons constitués de 75 GSC et 59 NSC obtenus à partir du projet bio NCBI (PRJNA546254). Une analyse exploratoire a été réalisée et a montré des modèles de variation d'expression génique significatifs entre la tumeur GBM et les cellules souches normales. Par la suite, l'analyse de l'expression différentielle des gènes Deseq2 a identifié 383 gènes exprimés différemment entre les GSC et les NSC [valeur padj. < 0,05, log2 fold change (>=+/-1,5)]. Cette étude révèle que des gènes comme LOX, LOX1, COL6A2, COL8A1, COL3A1, LUM, TGFB1, LAMA2, POSTN, MFAP5, MFAP2, FBN2, FLRT2 et HTRA1 sont les principales caractéristiques contribuant aux processus perturbés de l'organisation de la matrice extracellulaire et des voies d'organisation structurelle extracellulaire dans le gliome. En conclusion, les résultats présentés ici révèlent de nouvelles perspectives sur la progression du GBM et l’identification de nouveaux gènes impliqués dans la gliomagénèse, qui pourraient être étudiés plus en détail pour atteindre des cibles thérapeutiques.