Journal d'ophtalmologie clinique et expérimentale
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Abstrait

Dépistage du gène RB1 chez les patients algériens et prédiction de la pathogénicité des variations par analyse in silico

Amina Mama Boubkeur, Lotfi Louhibi, Meriem Abdi, Fatima Zohra Moghtit, Nacera Tabet Aoul, Rym Abderrahmane, Khadija Mahmoudi, Meriem Aberkane et Nadhira Saidi-Mehtar

Le rétinoblastome est une tumeur rétinienne pédiatrique initiée par l'inactivation biallélique du gène du rétinoblastome ( RB1 ). La plupart des altérations sont uniques et distribuées aléatoirement dans toute la région codante. Cette étude avait pour objectif d'une part d'identifier les mutations susceptibles d'affecter le gène RB1 au niveau constitutionnel et de contribuer à la compréhension de la pathogénèse moléculaire de cette maladie et à la détection précoce des sujets à risque et des porteurs asymptomatiques. La détection des variations dans l'ADN de 30 patients a été réalisée par chromatographie liquide haute performance (HPLC) suivie d'un séquençage. Dans un deuxième temps, nous avons développé un protocole d'analyse in silico à l'aide de différents logiciels basés sur des méthodes analytiques (Align GVGD, Mutation tasting, SIFT, PolyPhen, I-Mutant et KD4V) et structurales (Swiss-Pdb Viewer). Ce protocole a été utilisé pour prédire les effets délétères des mutations sur la protéine pRb. Le spectre de mutation comprenait 2 mutations faux-sens, 1 mutation non-sens, 1 délétion, 1 mutation affectant le site d'épissage et 2 polymorphismes. Parmi ces mutations, certaines ont été identifiées au niveau germinal chez des enfants sans antécédents familiaux de la maladie. Par conséquent, l'analyse in silico n'a identifié que trois mutations causales, la première mutation intronique dans le site donneur d'épissage a probablement provoqué un décalage du cadre de lecture, donnant naissance à une protéine tronquée. La deuxième mutation faux-sens c.1903 G˃C était censée affecter les processus d'épissage. La troisième mutation c.1961T>A située dans l'exon 20 peut perturber la fonction et la structure de la protéine.
Dans cette étude, l'analyse in silico a montré l'effet des mutations sur la structure et la fonction de la protéine. Il est intéressant de comparer ces résultats avec d'autres études fonctionnelles afin d'évaluer la fonctionnalité des mutations.