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Abstrait

Motifs de liaison peptidique quantitatifs pour 19 molécules MHC de classe I humaines et murines dérivées à l'aide de bibliothèques de peptides combinatoires à balayage positionnel

John Sidney, Erika Assarsson, Carrie Moore, Sandy Ngo, Clemencia Pinilla, Alessandro Sette et Bjoern Peters

Contexte : Il a été précédemment démontré que les bibliothèques combinatoires de peptides sont un outil utile pour caractériser la spécificité de liaison des molécules du CMH de classe I. Par rapport à d'autres méthodologies, telles que le séquençage groupé ou la mesure des affinités de peptides individuels, l'utilisation de bibliothèques combinatoires à balayage positionnel fournit une caractérisation de base de la spécificité moléculaire du CMH qui est rentable, quantitative et impartiale. Résultats : Nous présentons ici une application à grande échelle de cette technologie à 19 allèles de classe I différents chez l'homme et la souris. Il s'agit d'allèles très bien caractérisés (par exemple HLA A*0201), d'allèles pour lesquels peu de données antérieures sont disponibles (par exemple HLA A*3201) et d'allèles pour lesquels des rapports antérieurs contradictoires sur la spécificité (par exemple HLA A*3001) ont été publiés. Pour tous les allèles, les bibliothèques combinatoires à balayage positionnel ont pu élucider des modèles de liaison distincts définis avec une approche uniforme, que nous mettons à disposition ici. Nous introduisons une méthode heuristique pour traduire ces données en définitions classiques des positions d'ancrage principales et secondaires et de leurs résidus préférés. Enfin, nous validons que ces matrices peuvent être utilisées pour identifier des peptides candidats de liaison au CMH et des épitopes de cellules T dans les systèmes du virus de la vaccine et du virus de la grippe, respectivement. Conclusion : Ces données confirment, à grande échelle, y compris 15 allèles humains et 4 allèles de classe I de souris, l'efficacité de l'approche de bibliothèque combinatoire à balayage positionnel pour décrire la spécificité de liaison au CMH de classe I et identifier les peptides de liaison à haute affinité. Ces bibliothèques se sont révélées utiles pour identifier des positions d'ancrage primaires et secondaires spécifiques, et donc des motifs plus simples, analogues à ceux décrits par d'autres approches. La présente étude fournit également des matrices utiles pour prédire des liants à haute affinité pour plusieurs allèles pour lesquels des descriptions quantitatives détaillées de la spécificité de liaison n'étaient pas disponibles auparavant, notamment A*3001, A*3201, B*0801, B*1501 et B*1503.