Transcriptomique : libre accès
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Abstrait

La sélection de la puromycine perturbe les profils de séquence d'ARN des érythroblastes humains primaires

de Vasconcellos

La transduction lentivirale suivie d'une détermination de la puromycine est une méthode très répandue pour
les tests d'échange et d'articulation de qualité utilisant une variété de types de cellules, y compris
les cellules souches et ancestrales hématopoïétiques humaines. Malgré sa large application, les recherches concernant les effets possibles de l'
articulation de la qualité de la puromycine N-acétyltransférase bactérienne (pac) dans les sociétés cellulaires de mammifères sont insuffisantes. Ici, le potentiel de
la détermination de la puromycine à influencer les profils de transcriptome a été analysé en utilisant un modèle très lu pour
l'érythropoïèse humaine. Les analyses ont été effectuées en utilisant des cellules CD34(+) essentielles de six contributeurs humains adultes sains
transduits avec deux vecteurs lentiviraux codant pour pac disponibles financièrement et comparés à
des cellules témoins non transduites. Les profils d'articulation de qualité RNA-Seq ont été créés au stade de la
séparation des proérythroblastes, puis l'articulation de qualité différentielle a été examinée avec DEseq2 dans le logiciel R-Studio.
La diversité des profils d'expression de la qualité et la diversité des populations sélectionnées
après transduction des différents vecteurs lentiviraux ont été démontrées par des différences importantes dans les niveaux d'identification de l'ARN
de moins de 0,1 %. Néanmoins, la sélection de la puromycine après transduction de la qualité pac a provoqué des changements critiques dans les
5 % restants de l'ARNm par rapport aux témoins non transduits. Les résultats suggèrent qu'il faut réfléchir
à la capacité de la détermination de la puromycine à perturber la traduction des profils de transcriptome RNA-Seq.