Transcriptomique : libre accès
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Abstrait

La sélection de la puromycine perturbe les profils d'ARN-Seq des érythroblastes humains primaires

Guo RL, Lee YT, Byrnes C et Miller JL*

La transduction lentivirale suivie d'une sélection de puromycine est une procédure bien connue pour les expériences de transfert et d'expression de gènes utilisant une variété de types de cellules, y compris les cellules souches et progénitrices hématopoïétiques humaines. Malgré son application répandue, la recherche concernant les effets potentiels de l'expression du gène de la puromycine N-acétyltransférase bactérienne (pac) dans les cultures de cellules de mammifères est incomplète. Ici, le potentiel de la sélection de puromycine à affecter les profils de transcriptome a été examiné à l'aide d'un modèle bien étudié pour l'érythropoïèse humaine. Les expériences ont été réalisées en utilisant des cellules CD34(+) primaires de six donneurs humains adultes en bonne santé transduites avec deux vecteurs lentiviraux codant pour pac disponibles dans le commerce et comparées à des cellules témoins non transduites. Les profils d'expression génique RNA-Seq ont été générés au stade de différenciation proérythroblastique, puis l'expression génique différentielle a été analysée avec DEseq2 dans le logiciel R-Studio. La variation entre les donneurs dans les profils d'expression génétique et les variations entre les populations sélectionnées de puromycine après transduction des vecteurs lentiviraux séparés se sont manifestées par des différences significatives dans les niveaux de détection d'ARN de moins de 0,1 %. Cependant, la sélection de puromycine après transduction du gène pac a provoqué des changements significatifs dans plus de 5 % de l'ARNm par rapport aux témoins non transduits. Les résultats suggèrent qu'il faut tenir compte du potentiel de la sélection de puromycine à confondre l'interprétation des profils de transcriptome RNA-Seq.