Anurag Anand
Les études de séquençage à haut débit et les nouveaux outils logiciels révolutionnent les analyses des communautés microbiennes, mais la diversité des méthodes expérimentales et informatiques peut être décourageante. Dans cette revue, nous examinons certaines des différentes approches de profilage des communautés, en soulignant les forces et les faiblesses de diverses approches expérimentales, méthodologies de séquençage et méthodes analytiques. Nous abordons également une question clé émergeant de divers projets sur le microbiome humain : existe-t-il un noyau substantiel d'organismes ou de lignées abondants que nous partageons tous ? Il semble que dans certains habitats du corps humain, comme la main et l'intestin, la diversité entre les individus est si grande que nous pouvons exclure la possibilité qu'une espèce soit très abondante chez tous les individus : il est possible que l'accent soit plutôt mis sur les taxons de niveau supérieur ou sur les gènes fonctionnels.