Journal des antiviraux et des antirétroviraux
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Abstrait

Polymorphismes des gènes de la transcriptase inverse et de la protéase du sous-type C du VIH-1 dans une cohorte de patients de Mumbai

Ritwik Dahake, Shraddha Mehta, Sneha Yadav, Abhay Chowdhary et Ranjana A Deshmukh

Objectifs : Les pays développés sont alarmés par les taux de résistance primaire/transmise du VIH-1 aux médicaments. Il existe un débat sur la validité de certains polymorphismes dans les mutations du sous-type C du VIH-1 liées aux séquences consensus du sous-type B associées à une résistance primaire et parfois confondues avec celle-ci. Dans cette étude préliminaire, nous avons déterminé les polymorphismes des gènes de la transcriptase inverse (RT) et de la protéase (PR) du sous-type C du VIH-1 à partir d'une cohorte de patients à Mumbai, en Inde.

Méthodes : L'étude a été réalisée avec des échantillons de plasma de vingt-quatre patients (ayant déjà suivi un traitement antirétroviral ou naïfs de traitement) en utilisant une PCR semi-imbriquée à transcriptase inverse « maison » suivie d'un séquençage et d'une analyse de séquence. La base de données de Stanford sur la résistance aux médicaments contre le VIH a été utilisée pour l'analyse et l'interprétation des polymorphismes et d'autres mutations de résistance aux médicaments. Nous avons également analysé les mutations de résistance aux médicaments de surveillance (SDRM) pour le gène PR .

Résultats : Les polymorphismes ont été déterminés à une fréquence mutationnelle de 0,1337 ± 0,042 dans le gène PR et de 0,067 ± 0,014 dans le gène RT, tandis que 16,6 % et 12,5 % des échantillons présentaient des mutations de résistance aux médicaments dans les gènes PR et RT respectivement. Des substitutions supérieures à 50 % se trouvaient aux positions L19, V82, M36, R41, L63, H69, L89 et I93 pour le gène PR et D121, K122, T165, K166, K173, D177, T200, Q207 et R211 pour le gène RT. De plus, des SDRM du gène PR ont été observées dans 15,0 % des échantillons.

Conclusions : Nos résultats concordent avec les résultats précédents selon lesquels des polymorphismes existent dans le sous-type C du VIH-1 en Inde et réitèrent que ces polymorphismes peuvent également inclure un certain nombre de mutations majeures et mineures/accessoires associées à la résistance. La plupart des bases de données sur la résistance aux médicaments disponibles en ligne sont basées sur le sous-type B ; par conséquent, nous recommandons que des bases de données sur la résistance aux médicaments spécifiques au sous-type du VIH soient créées pour permettre une surveillance systématique et sans ambiguïté de la résistance aux médicaments avant de commencer un traitement antirétroviral, en particulier lors de l'inclusion d'inhibiteurs de protéase.