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Abstrait

Une analyse pan-cancéreuse identifie SEC11A comme un biomarqueur immunologique et pronostique

Qingqing Wu, Chengdong Liu, Guangzhao Huang, Xinyan Lu, Xiaozhi Lv, Tingru Shao

Objectif : Des preuves limitées suggèrent un rôle vital de SEC11A dans la cancérogenèse. Notre étude a mené une analyse intégrée des caractéristiques moléculaires et de la pertinence clinique de SEC11A dans l'ensemble des cancers sur la base de données multi-omiques.

Matériel et méthodes : L'expression de SEC11A a été analysée dans 33 types de tumeurs et d'échantillons normaux en utilisant les profils de transcriptome du projet The Cancer Genome Atlas-Genotype-Tissue Expression (TCGA-GTEx) et les données protromiques du projet Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC). Les altérations du nombre de copies et la méthylation de SEC11A ont été étudiées dans l'ensemble des cancers avec cBioPortal. La pertinence clinique et les implications pronostiques de SEC11A ont été évaluées dans les cohortes The Cancer Genome Atlas (TCGA). L'analyse d'enrichissement des ensembles de gènes (GSEA) de SEC11A a été réalisée dans le carcinome épidermoïde de la tête et du cou (HNSCC) avec le logiciel cluster profiler. La corrélation de SEC11A avec les infiltrations de cellules immunitaires a été estimée à l'aide des algorithmes EPIC (Estimating the Proportions of Immune and Cancer cells), TIMER (Tumor Immune Estimation Resource), xCELL, Microenvironment Cell Populations-counter (MCP-counter), quanTIseq, Cell type Identification by Estimating Relative Subsets of RNA Transcripts (CIBERSORT) et ImmuCellAI (Immune Cell Abundance Identifier). Les valeurs de concentration inhibitrice (IC ₅₀ ) des agents anticancéreux ont été sélectionnées à partir du projet Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC) et leurs corrélations avec SEC11A ont été calculées.

Résultats : Nous avons constaté que l'expression de SEC11A était régulée à la hausse dans la plupart des types de cancer (24/33), alors qu'elle était régulée à la baisse dans 3 types de cancer. L'amplification génétique de SEC11A était répandue dans tous les types de cancer. Il y avait des corrélations négatives entre l'expression de l'acide ribonucléique (ARN) de SEC11A et le niveau de méthylation. La régulation positive de SEC11A indiquait un pronostic défavorable dans le carcinome corticosurrénalien et le HNSCC. De plus, SEC11A était étroitement impliqué dans le cycle cellulaire, la régulation de TP53 et le traitement des antigènes. SEC11A était positivement associé aux macrophages et aux fibroblastes associés à la tumeur, mais négativement associé aux cellules T CD8 ⁺ . L'expression de SEC11A était positivement corrélée à la résistance aux médicaments anticancéreux.

Conclusion : Ces résultats suggèrent que SEC11A pourrait agir comme un biomarqueur pronostique dans tous les cancers. La régulation positive de SEC11A était liée au statut immunosuppresseur de la tumeur. Collectivement, nos résultats offrent une ressource précieuse qui pourrait guider l'analyse mécaniste et thérapeutique de SEC11A dans tous les cancers.