Recherche immunitaire
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Abstrait

Navigation dans les données sur les épitopes immunitaires liés au diabète : ressources et outils fournis par la base de données sur les épitopes immunitaires (IEDB)

Kerrie Vaughan, Bjoern Peters, Roberto Mallone, Matthias von Herrath, Bart O. Roep and Alessandro Sette

Contexte :
La base de données sur les épitopes immunitaires (IEDB), initialement axée sur les maladies infectieuses, a récemment été étendue aux maladies allergiques, de transplantation et d'auto-immunité. Nous nous concentrons ici sur le diabète, choisi comme prototype de maladie auto-immune. Nous utilisons un format combiné de tutoriel et de méta-analyse, qui montre comment répondre aux questions courantes liées aux épitopes du diabète.
Résultats :
Au total, 409 références sont capturées dans l'IEDB décrivant > 2 500 épitopes d'antigènes associés au diabète. La grande majorité des données proviennent de GAD, d'insuline, d'IA-2/PTPRN, d'IGRP, de ZnT8, de HSP et d'ICA-1, et les expériences liées aux épitopes des cellules T et à la liaison du CMH dépassent de loin les tests des cellules B. Nous illustrons comment rechercher par antigènes, épitopes ou hôte spécifiques. D'autres exemples incluent la recherche de tétramères ou d'épitopes restreints par des allèles ou des tests d'intérêt spécifiques, ou la recherche basée sur l'état clinique de l'hôte.
Conclusions :
L'inventaire de toutes les données publiées sur les épitopes du diabète facilite leur accès pour la communauté scientifique. Bien que la collecte mondiale de données primaires issues de la littérature reflète les biais d'investigation potentiels présents dans la littérature, l'approche de recherche flexible permet aux utilisateurs d'effectuer des requêtes adaptées à leurs préférences, en incluant ou en excluant des données selon le cas. De plus, l'analyse met en évidence les lacunes dans les connaissances et identifie les domaines de recherche future.