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Abstrait

Le typage moléculaire par PCR-RFLP révèle la diversité des mycobactéries environnementales agent de l'ulcère de Buruli en Côte d'Ivoire (Afrique de l'Ouest).

Quinet Grégoire, Kakou Ngazoa E Solange, Aka Nguetta, Vakou Sabine, Coulibaly Ngolo David, Kouakou Hélène, Sylla Aboubacar, Faye-Kette Hortense, Aoussi Serge, Dosso Mireille

L'ulcère de Buruli est une maladie cutanée négligée causée par Mycobacterium ulcerans (MU), et touche 1000 personnes chaque année dans le monde et particulièrement dans les pays africains. L'éradication de l'ulcère de Buruli est difficile en raison du manque de diagnostic précoce dans les régions rurales d'endémie et de l'inconnu de la maladie dans le système de santé national. Dans les zones humides et les marais ruraux d'Afrique centrale et occidentale, les enfants sont les plus touchés. MU appartient aux mycobactéries productrices de mycolactone (MPM) environnementales et présente une grande diversité génétique des souches circulantes. Les diagnostics ont été appliqués par culture et détection du génome par réaction en chaîne par polymérase (PCR). La PCR est devenue une méthode de référence pour confirmer les échantillons cliniques et environnementaux pour MU. La méthode MIRU-VNTR et le polymorphisme de longueur des fragments de restriction (RFLP) combinés aux marqueurs MIRU-VNTR ont été utilisés pour discriminer les mycobactéries de différentes sources. L'objectif de cette étude était d'étudier la diversité moléculaire de différentes sources de mycobactéries, provenant de l'environnement, de souches de culture et d'échantillons cliniques en utilisant le typage MIRU-VNTRTyping et le RFLP combinés. Un total de 26 échantillons (eau, sédiments, souches de mycobactéries et écouvillon) provenant de sites endémiques ont d'abord été confirmés par coloration IS2404 ou Ziehl-Neelsen. Les échantillons ont été analysés par typage PCR pour 4 marqueurs spécifiques (MIRU-1, VNTR6, VNTR19, ST-1) et les amplicons ont été digérés avec l'endonucléase de restriction MspI et séparés par électrophorèse sur gel d'agarose à 3 % pour l'analyse PCR-RFLP. Nos résultats ont montré une amplification différente par typage VNTR-MIRU. Pour les échantillons environnementaux, une faible amplification a été détectée de 25 % pour la PCR-MIRU-1. Les souches de culture et les échantillons cliniques avaient un taux d'amplification de 35,7 % et 62,5 % respectivement. ST-1 avait le meilleur marqueur amplifié pour les souches de culture de 71,4%, tandis que les échantillons cliniques ont un bon taux d'amplification de 62,5% pour tous les marqueurs. Les profils PCR-RFLP des échantillons cliniques étaient identiques, tandis que les souches environnementales et les mycobactéries présentaient des profils PCR-RFLP différents. Nous avons développé une approche sensible à la PCR-RFLP, plus simple et peu coûteuse pour confirmer le génotypage des mycobactéries non tuberculeuses dans les pays d'endémie pour le dépistage environnemental. Nous suggérons une mutation dans les loci répétés de la séquence VNTR-MIRU et l'adaptation des mycobactéries de l'environnement à l'homme. Cette étude confirme la circulation de plusieurs génotypes de mycobactéries en Côte d'Ivoire.