Journal de chimie physique et biophysique
Libre accès
ISSN: 2161-0398
ISSN: 2161-0398
Sachin Patodia, Ashima Bagaria et Deepak Chopra
La simulation MD est devenue un outil essentiel pour comprendre les bases physiques de la structure des protéines et leurs fonctions biologiques. Au cours de la décennie actuelle, nous avons assisté à des progrès significatifs dans la simulation MD des protéines avec des avancées dans les algorithmes de simulation atomistique, les champs de force, les méthodes et installations de calcul, l'analyse complète et la validation expérimentale, ainsi que l'intégration dans les cadres de bioinformatique à large domaine et de biologie structurelle/systémique. Dans cette revue, nous présentons la méthodologie des simulations de protéines et les avancées récentes dans le domaine. La simulation MD fournit une plate-forme pour étudier les interactions protéine-protéine, protéine-ligand et protéine-acide nucléique. La simulation MD est également effectuée avec une échelle de temps de relaxation RMN afin d'obtenir le couplage dipolaire résiduel et le paramètre d'ordre des molécules de protéines.