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Analyse métagénomique du profil moléculaire du cancer du sein à l'aide de Genie, un outil de priorisation des gènes basé sur la littérature : une nouvelle approche

Amit Kumar Yadav et Vidya Jha

Contexte : La complexité biologique et l'hétérogénéité du cancer du sein peuvent être expliquées par le profil moléculaire. La technique du microarray est la méthode de choix pour l'étudier. Mais il existe certaines limites. Les techniques informatiques sont une nouvelle méthode pour étudier le profil d'expression génétique.

Matériel et méthode : Genie, un logiciel en ligne disponible gratuitement, a été utilisé pour analyser la littérature, les informations génétiques et d'homologie issues des bases de données MEDLINE, NCBI Gene et HomoloGene. Les données fournies étaient l'espèce cible (Homo sapiens) et le sujet biomédical (cancer du sein). Selon les données fournies, les gènes des espèces cibles sont priorisés.

Résultats : Le classement attribué aux 1906 gènes signalés n'était pas conforme aux attentes. Par conséquent, ils ont été reclassés manuellement en fonction du nombre de résultats. Le nombre de résultats a été réduit à 70. Les protéines codées par ces gènes et leurs fonctions ont été obtenues à partir de la base de données NCBI. Sur la base de leur fonction et de leur rôle dans la carcinogenèse, ces gènes ont ensuite été regroupés en catégories distinctes.

Conclusion : Une nouvelle approche computationnelle pour étudier le profil moléculaire du cancer du sein a été démontrée. Un panel de 70 gènes pour étudier le profil d'expression génétique du cancer du sein a été suggéré. Ces gènes évaluent de manière exhaustive tous les aspects de la pathogénèse moléculaire du cancer du sein et sont recommandés pour de futures études cliniques.