Christian Garde, Ramarathinam H, Emma C Jappe, Morten Nielsen, Jens V Kringelum, Thomas Trolle et Anthony W Purcell
La présentation de l'antigène de classe II du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) est un élément clé pour déclencher une réponse des lymphocytes T CD4+. La prédiction précise des interactions peptide-CMH (pMHC) est donc devenue une pierre angulaire dans la définition des candidats épitopes pour la conception rationnelle de vaccins. Les outils de prédiction du pMHC actuels se sont jusqu'à présent principalement concentrés sur l'inférence à partir de l'affinité de liaison in vitro. Dans l'étude actuelle, nous avons rassemblé un large ensemble de ligands élués du CMH de classe II générés par spectrométrie de masse pour guider la prédiction de la présentation de l'antigène du CMH de classe II. Nous démontrons que les modèles développés sur des ligands élués surpassent ceux développés sur des données d'affinité de liaison du pMHC.
Les performances prédictives peuvent être encore améliorées en combinant les données d'affinité du ligand élué et du pMHC dans un seul modèle de prédiction. De plus, en incluant les données du ligand, la préférence de longueur du peptide de la classe II du CMH peut être apprise avec précision par le modèle de prédiction. Enfin, nous démontrons que notre modèle surpasse considérablement la méthode de prédiction de pointe actuelle, NetMHCIIpan, sur un ensemble de données externes de ligands élués et semble supérieur dans l'identification des épitopes des cellules T CD4+.