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Abstrait

Analyse immunoinformatique du protéome du virus H5N1 pour la conception d'un vaccin dérivé d'un épitope et la prédiction de la prévalence de l'immunité cellulaire préexistante contre le virus de la grippe aviaire dans la population indonésienne

Marsia Gustiananda

Contexte La persistance du virus de la grippe A H5N1 parmi les volailles en Indonésie, ainsi que le nombre croissant d'infections humaines par ce virus, laissent entrevoir un risque de réassortiment avec d'autres sous-types de grippe A prévalents en Indonésie. En l'absence d'anticorps protecteurs croisés contre la souche émergente, la présence d'une immunité cellulaire pourrait réduire la grippe à un niveau subclinique et pourrait atténuer la pandémie. Cette étude a évalué le degré d'immunité croisée médiée par les cellules T contre de telles souches émergentes hypothétiques de grippe A. Les 11 séquences protéiques des isolats H5N1 indonésiens ont été évaluées pour la présence d'épitopes de cellules T restreints par les types HLA indonésiens.
Résultats Parmi 4433 peptides nonamères possibles, 225 ont été prédits comme de bons épitopes CTL (score < 1 %) par NetCTLpan et avaient une forte affinité de liaison (IC50 < 50 nM) envers les molécules HLA par IEDBann et netMHCann. L'analyse de conservation des épitopes a révélé qu'au moins 60 % des isolats indonésiens de H5N1 contenaient les séquences identiques de cet ensemble de 225 peptides. Soixante-neuf peptides étaient spécifiques du H5N1 et 156 présentaient une réactivité croisée avec d'autres sous-types. Un nombre significatif (184) de peptides se liaient à plus d'un allèle HLA (promiscuité). L'analyse blastique a montré que la majorité (213) des peptides n'avaient pas de similitude avec les peptides humains susceptibles d'induire une auto-immunité s'ils étaient utilisés pour la vaccination. Certains peptides peuvent agir comme noyau pour les molécules HLA de classe II, et certains se superposent aux épitopes linéaires putatifs des cellules B. Dix-huit peptides sont apparus comme des composants probables du vaccin optimisés pour une population indonésienne, mais susceptibles d'être également efficaces parmi la plupart des autres groupes ethniques.
Conclusions L'exposition systématique à la grippe saisonnière A assure probablement un certain niveau d'immunité croisée contre le H5N1 et la plupart des mutants de réassortiment. L’identification de tels épitopes de cellules T susceptibles de réagir de manière croisée pourrait aider à évaluer la menace d’épidémies potentielles et à élaborer les vaccins qui pourraient les contenir.