Recherche immunitaire
Libre accès
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Anne S. De Groot, Matthew Ardito, Leonard Moise, Eric A. Gustafson, Denice Spero, Gloria Tejada, William Martin
Contexte : Des vaccins de biodéfense contre les agents bioterroristes de catégorie B Burkholderia pseudomallei (BPM) et Burkholderia mallei (BM) sont nécessaires, car ils sont tous deux facilement accessibles aux terroristes et ont un fort potentiel d'armement. Burkholderia cepaciae (BC), un pathogène apparenté, provoque des infections pulmonaires chroniques chez les patients atteints de mucoviscidose. Étant donné que BPM, BM et BC sont toutes des bactéries intracellulaires, elles constituent d'excellentes cibles pour les vaccins à base de cellules T. Cependant, le volume considérable de données génomiques disponibles nécessite l'aide de l'immunoinformatique pour la conception de vaccins. En utilisant EpiMatrix, ClustiMer et EpiAssembler, un ensemble d'outils de conception de vaccins immunoinformatiques, nous avons examiné les 31 génomes de Burkholderia disponibles et effectué des tests initiaux de nos sélections qui sont candidates à un vaccin multipathogène à base d'épitopes contre les espèces de Burkholderia. Résultats : L'analyse immuno-informatique de 31 génomes de Burkholderia a donné 350 004 peptides candidats vaccinaux 9-mer dont 133 469 avaient une conservation parfaite sur les 10 génomes BM, 175 722 avaient une conservation parfaite sur les 11 génomes BPM et 40 813 avaient une conservation parfaite sur les 10 génomes BC. Un criblage supplémentaire avec EpiMatrix a donné 54 010 épitopes de classe II à score élevé ; ceux-ci ont été assemblés en 2 880 épitopes T helper « séquence consensus immunogène » hautement conservés plus longs. 100 % des peptides se sont liés à au moins un allèle HLA de classe II in vitro, 92,7 % se sont liés à au moins deux allèles, 82,9 % à trois et 75,6 % des résultats de liaison étaient cohérents avec l'analyse immuno-informatique. Conclusions : Nos résultats montrent qu'il est possible d'identifier rapidement les épitopes T auxiliaires promiscuité conservés dans plusieurs espèces de Burkholderia et de tester leur liaison aux ligands HLA in vitro. La prochaine étape de notre processus consistera à tester les épitopes ex vivo en utilisant des leucocytes périphériques provenant de BC, d'humains infectés par BPM et pour l'immunogénicité chez des souris transgéniques HLA humaines. Nous espérons que cette approche conduira au développement d'un vaccin de biodéfense pan-Burkholderia pouvant être autorisé.