Recherche immunitaire
Libre accès
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Csaba Ortutay, Markku Siermala et Mauno Vihinen
Contexte : Le système immunitaire, qui est une machinerie complexe, est basé sur l'expression hautement coordonnée d'un large éventail de gènes et de protéines. L'histoire évolutive du système immunitaire humain n'est pas bien caractérisée. Bien que plusieurs études liées au développement et à l'évolution des processus immunologiques aient été publiées, une analyse génomique à grande échelle fait toujours défaut. Une base de données axée sur les relations évolutives des gènes liés au système immunitaire contribuerait à la recherche sur l'immunologie et la biologie évolutive et la faciliterait. Résultats : Une ressource Internet appelée ImmTree http://bioinf.uta.fi/ImmTree a été construite pour étudier l'évolution et les arbres évolutifs du système immunitaire humain. ImmTree contient des informations sur les orthologues de 80 espèces collectées à partir des bases de données HomoloGene, OrthoMCL et EGO. En plus des arbres phylogénétiques, le service fournit des données pour la comparaison des paires d'orthologues homme-souris, y compris les taux de mutation synonymes et non synonymes, les valeurs Z et les quotients Ka/Ks. Un moteur de recherche polyvalent permet des requêtes complexes à partir de la base de données. Actuellement, des données sont disponibles pour 847 gènes et protéines liés au système immunitaire humain. Conclusion : ImmTree fournit un ensemble de données unique sur les gènes et les protéines du système immunitaire humain, leur phylogénétique et des informations permettant de comparer les paires d'orthologues homme-souris, les taux de mutation synonymes et non synonymes, ainsi que d'autres informations statistiques.