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Abstrait

Identification des épitopes conformationnels des cellules B dans un antigène à partir de sa séquence primaire

Hifzur Rahman Ansari

Contexte : L'un des principaux défis dans le domaine de la conception de vaccins est de prédire les épitopes conformationnels des cellules B dans un antigène. Dans le passé, plusieurs méthodes ont été développées pour prédire les épitopes conformationnels des cellules B dans un antigène à partir de sa structure tertiaire. Il s'agit de la première tentative dans ce domaine de prédire l'épitope conformationnel des cellules B dans un antigène à partir de sa séquence d'acides aminés. Résultats : Tous les modèles de machine à vecteurs de support (SVM) ont été formés et testés sur 187 chaînes protéiques non redondantes constituées de 2261 résidus d'épitopes de cellules B interagissant avec des anticorps. Les modèles ont été développés en utilisant le profil binaire du motif (BPP) et le profil physicochimique des motifs (PPP) et ont atteint un MCC maximal de 0,22 et 0,17 respectivement. Dans cette étude, pour la première fois, le modèle SVM a été développé en utilisant le profil de composition des motifs (CPP) et a atteint un MCC maximal de 0,73 avec une précision de 86,59 %. Nous avons comparé notre modèle basé sur CPP avec les méthodes existantes basées sur la structure et avons observé que notre modèle basé sur la séquence est aussi bon que les méthodes basées sur la structure. Conclusion : Cette étude démontre que la prédiction de l'épitope conformationnel des cellules B dans un antigène est possible à partir de sa séquence primaire. Cette étude sera très utile pour prédire les épitopes conformationnels des cellules B dans les antigènes dont les structures tertiaires ne sont pas disponibles. Un serveur Web CBTOPE a été développé pour prédire l'épitope des cellules B http://www.imtech.res.in/raghava/cbtope/.