Journal de chimie physique et biophysique
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Abstrait

La ribonucléoprotéine nucléaire hétérogène K se lie à la séquence riche en cytosine du promoteur proximal du facteur 1 alpha inductible par l'hypoxie qui forme un motif i stable à pH neutre

Diana J Uribe, Yoon-Joo Shin, Eric Lau, Scot W Ebbinghaus et Daekyu Sun

Le promoteur proximal du gène du facteur inductible par l'hypoxie 1 alpha (HIF-1α) contient une séquence poly-purine/poly-pyrimidine (pPu/pPy), qui affecte 90 % de son contrôle transcriptionnel. La séquence riche en guanine de cette séquence pPu/pPy est connue pour être structurellement dynamique, formant facilement une structure G-quadruplex avec un modèle de repliement 1:6:1. Dans la présente étude, nous avons démontré que la séquence riche en cytosine (riche en C) dans la séquence pPu/pPy du promoteur HIF-1α est capable de former deux structures i-motif intramoléculaires majeures avec des modèles de repliement 3:3:3 ou 3:4:2 à proximité du pH physiologique en utilisant le dichroïsme circulaire, l'empreinte bromée et l'analyse mutationnelle dirigée. Ces structures sont les premiers i-motifs connus qui se forment à pH neutre, avec un pH de transition à 6,9, et dont on a découvert qu'ils se formaient dans la séquence promotrice proximale des oncogènes. De plus, des tests de mobilité électrophorétique (EMSA) combinés à l'empreinte bromée ont révélé que la ribonucléoprotéine nucléaire hétérogène K (hnRNP K) est capable de se lier à l'état déplié de la séquence riche en C d'une manière spécifique à la séquence. Pris ensemble, nos résultats démontrent que les structures à motif i qui se forment dans la séquence riche en C du promoteur HIF-1α peuvent se former dans des conditions physiologiques et que la hnRNP K peut se lier à cette séquence riche en C.