Transcriptomique : libre accès
Libre accès

Abstrait

Analyse du transcriptome global et identification des gènes différentiellement exprimés après infection de Fragaria vesca par l'oïdium (Podosphaera aphanis)

Shridhar Jambagi, Jim M. Dunwell

Contexte : Podosphaera aphanis, l’agent causal de l’oïdium du fraisier, provoque des pertes économiques importantes dans le monde entier.

Méthodes : Nous avons utilisé l'espèce de fraise diploïde Fragaria vesca comme modèle pour étudier les interactions entre les agents pathogènes des plantes. L'ARN-seq a été utilisé pour générer un ensemble de données transcriptomiques à partir de deux accessions, F. vesca ssp. vesca Hawaii 4 (HW) et F. vesca f. semperflorens Yellow Wonder 5AF7 (YW) à 1 jour (1 DAI) et 8 jours (8 DAI) après l'infection.

Résultats : Sur le total des lectures identifiées, environ 999 millions (92 %) correspondaient au génome de F. vesca. Ces transcriptions provenaient d'un total de 23 470 et 23 464 gènes dans HW et YW, respectivement à partir des trois points temporels (témoin, 1 et 8 DAI). L'analyse a identifié 1 567, 1 846 et 1 145 gènes régulés à la hausse entre le témoin et 1 DAI, le témoin et 8 DAI, et 1 et 8 DAI, respectivement dans HW. De même, 1 336, 1 619 et 968 gènes étaient régulés à la hausse dans YW. De plus, 646, 1 098 et 624 gènes régulés à la baisse ont été identifiés dans HW, tandis que 571, 754 et 627 gènes étaient régulés à la baisse dans YW entre les trois points temporels, respectivement.

Conclusion : L'étude des gènes différentiellement exprimés (changements de log2 fois ?5) entre le témoin et 1 DAI dans les deux cultures HW et YW a permis d'identifier un grand nombre de gènes liés au métabolisme secondaire, à la transduction du signal ; la régulation transcriptionnelle et la résistance aux maladies étaient fortement exprimées. Il s'agissait notamment de la flavonoïde 3´-monooxygénase-monooxygénase, de la peroxydase 15, de la glucane endo-1,3-?-glucosidase 2, de récepteurs kinases, de facteurs de transcription, de protéines de type germin, de protéines F-box, de protéines NB-ARC et NBS-LRR. Il s'agit de la première application de l'ARN-seq à une interaction avec un pathogène dans la fraise.