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Abstrait

Génotypage des virus des oreillons basé sur le gène SH : Développement d'un serveur utilisant des méthodes sans alignement et basées sur l'alignement

Pandurang S Kolekar, Mohan M Kale, Urmila Kulkarni-Kale

Contexte
Les oreillons sont une maladie infectieuse aiguë de l'enfance causée par le virus des oreillons (MuV), un membre du genre Rubulavirus, de la famille des Paramyxoviridae. Sur la base de la variabilité génétique des petits gènes hydrophobes (SH), les MuV ont actuellement été divisés en douze génotypes confirmés désignés comme AL et un génotype proposé, M. Malgré le succès du programme de vaccination, on observe que quelques génotypes cocirculent au sein de la population vaccinée. De plus, l'absence de protection croisée entre différents génotypes est signalée et, par conséquent, dans le cadre de la surveillance épidémiologique, l'OMS a recommandé le génotypage du MuV. Actuellement, le génotypage est effectué à l'aide de l'analyse de phylogénie moléculaire (MPA) des gènes SH et aucun serveur de génotypage n'est disponible pour le MuV. La présente étude rapporte le développement d'un serveur de génotypage pour le même, qui utilise trois méthodes indépendantes. Français Le serveur utilise deux méthodes conventionnelles, à savoir BLAST, MPA et une nouvelle méthode basée sur la distribution du temps de retour (RTD), qui est développée en interne.
Résultats
Un serveur pour le génotypage du virus des oreillons est développé et mis à disposition sur http://bioinfo.net.in/muv/homepage.html. La méthode sans alignement basée sur RTD a été initialement développée pour MPA et est appliquée pour le génotypage du MuV pour la première fois. On a constaté qu'elle avait une précision de 98,95 % lorsqu'elle était mesurée en utilisant la méthode de validation croisée leave-one-out sur des ensembles de données de référence et de test. En plus de RTD, le serveur implémente également BLAST et MPA pour le génotypage du MuV. Les trois méthodes se sont avérées très fiables, comme le montrent les prédictions consensuelles.
Conclusions
Un serveur pour le génotypage du MuV, qui implémente des approches bioinformatiques basées sur les séquences, est développé et validé à l'aide de séquences de gènes SH de génotypes connus. Ce serveur sera utile pour la surveillance épidémiologique et pour surveiller la circulation des génotypes du virus des oreillons au sein et entre les zones géographiques. Il facilitera également les études phylodynamiques des virus des oreillons.