Progrès en génie génétique
Libre accès
ISSN: 2169-0111
ISSN: 2169-0111
Tahereh Alinejad
Dans cette étude, l'impact de la température de l'eau et des variables écologiques sur la réponse immunitaire des crevettes d'eau douce (Macrobrachium rosenbergii) a été estimé par quinze réponses immunitaires de base. La réponse immunitaire a été sélectionnée et planifiée par notre étude précédente sur les informations du transcriptome et du protéome de M. rosenbergii. Des tests en laboratoire sur l'impact de différentes températures présentées aux crevettes d'eau douce ont été appliqués à l'habitat indigène de l'élevage de crevettes d'eau douce. Deux élevages distincts selon les pratiques d'administration et de matériel standard et non standard ont été sélectionnés pour l'étude. Une série de tests a été réalisée à différentes heures de la journée dans différentes températures de l'eau de 24°C à 32°C. La relation entre la réponse immunitaire des crevettes d'eau douce et les réponses immunitaires des systèmes immunitaires des crevettes d'eau douce contre les étourdissements thermiques et les systèmes immunitaires a été étudiée en appliquant un profilage différentiel des réponses immunitaires (Fluidigm Biomark HD) dans trois organes distincts qui sont le sérum, l'hépatopancréas et les muscles. Les résultats ont confirmé que l'augmentation de la température de l'eau affecte directement les réponses immunitaires des crevettes d'eau douce. De même, l'impact de la température différente de l'eau sur l'articulation de la qualité dans le sérum, l'hépatopancréas et les muscles des crevettes d'eau douce a également été examiné par un examen différentiel de l'articulation de la qualité. Une corrélation des informations sur l'articulation de la qualité des trois groupes a indiqué que les qualités de codage des voies invulnérables étaient fondamentalement contrôlées à la baisse et que les qualités de codage des métabolites étaient essentiellement contrôlées à la hausse par rapport à l'augmentation de la température. Notre étude a trouvé une nouvelle association de qualité dans la voie de la lectine, qui est la tachylectine, comme autre qualité concurrente potentielle pour le développement de marqueurs de pression naturelle dans la crevette d'eau douce. Cette étude a également fourni des données significatives sur l'articulation différentielle de la nouvelle voie sûre de la crevette d'eau monstre après la pression naturelle qui aidera à améliorer la compréhension des associations de climat de qualité dans cette espèce en utilisant 15 qualités qui ont été planifiées à partir des informations du transcriptome acquises lors d'études précédentes. En outre, l'examen écologique des fermes a fourni des données importantes sur l'impact de la teneur en terre et en eau, de l'alimentation des crevettes et des techniques de gestion des fermes sur l'amélioration de la qualité invulnérable des crevettes d'eau douce et le rendement des fermes.
Dernièrement, des innovations à haut débit, telles que le séquençage de pointe (NGS), ont fait leur apparition et sont largement utilisées dans la recherche génomique et transcriptomique. La technologie NGS peut également être utilisée pour étudier la qualité différentielle de l'expression sur différents tissus ou dans certaines conditions, telles que le stress et la contamination par des micro-organismes, et dans des formes de vie modèles et non modèles. Il existe des lectures transcriptomiques pour les crevettes pénéides, telles que Peneaus monodon, Litopeneaus vannamei, Fenneropeneaus chinensis, Fenneropenaeus merguiensis et Marsupeneaus japonicus, pour étudier l'expression spécifique des tissus, la réaction de stress et les maladies virales. De plus, de nombreuses études ont été menées sur le séquençage du transcriptome complet de l'hépatopancréas de M. rosenbergii en raison d'une contamination par Vibrio parahaemolyticus, de l'hépatopancréas et des organes lymphoïdes en raison d'une infection par le syndrome des points blancs (WSSV) et du tissu intestinal en raison du WSSV ou de la copie virale PAMP (poly I:C). Plus récemment, une étude transcriptomique du tissu hématopoïétique de la crevette adulte M. rosenbergii en raison d'une infection par MrNV a été envisagée. Un nombre important de données différemment abondantes ont été obtenues avec différents instruments de sécurité, par exemple des récepteurs de reconnaissance de modèle, des agents anticancéreux et des peptides antimicrobiens.
Pour distinguer les enregistrements différentiellement liés à la contamination par MrNV, nous avons effectué un séquençage d'ARN sur six recréations de chaque PL solide et de PL provisoirement contaminé par MrNV. Les résultats ont montré que 5538 enregistrements étaient différentiellement communiqués, 2413 enregistrements étaient dirigés vers le haut et 3125 enregistrements étaient contrôlés vers le bas. Parmi ces enregistrements, certains d'entre eux étaient impliqués dans le système de sécurité naturel en raison d'une maladie virale.
Pour valider notre liste de résultats et les résultats de la richesse différentielle, nous avons également sélectionné 9 points pour l'approbation par qPCR et avons montré un faible taux de révélation erronée dans ces domaines. Nous avons passé au crible notre liste de DEGs en fonction de groupes fonctionnels d'importance, notamment les protéines de reconnaissance de modèle (PRP) et les protéines antivirales, le système de prophénol oxydase (ProPO), les voies de signalisation Toll-IMD, les peptides antimicrobiens (AMP) et le système de coagulation sanguine, la phagocytose et l'apoptose, le système d'agents anticancéreux et l'impédance de l'ARN (ARNi). Diverses études ont montré une forte corrélation entre les données RNAseq et qPCR. En outre, les analyses RNAseq de M. rosenbergii en raison d'une contamination bactérienne et virale ont également montré une forte corrélation entre les résultats RNAseq et qPCR. Pour améliorer notre certitude, nous avons testé ces résultats dans des échantillons biologiques libres. L'épaississement du sang est une réaction humorale qui prévient la perte d'hémolymphe et la propagation microbienne lors d'une blessure. Chez les charognards, la coagulation sanguine comprend la liaison croisée de toutes les protéines épaississantes (CP) par la transglutaminase calcique (TGase) délivrée par l'hémocyte. Des études antérieures ont indiqué que la synthèse du lysozyme et de la croûte chez M. japonicus était sous-régulée chez les crevettes épuisées par la TGase, ce qui suggère qu'il existe un lien entre le système d'épaississement du sang et les AMP. Nous avons constaté que la transglutaminase et la synthèse de l'isoforme X2 de type hémicentine-1 (HMCN1) étaient contrôlées à la hausse. De même, nous avons confirmé la présence de HMCN1 qui était contrôlée à la hausse par une augmentation de 5,31 dans le RNAseq et une augmentation de 16,07 par qPCR. Ces résultats ont suggéré que ces deux composants de la coagulation sanguine sont inclus en réaction à la contamination par MrNV. En outre, la régulation ascendante de deux parties de la coagulation sanguine, le lysozyme et certaines isoformes de la crustine, peut démontrer un lien entre la structure d'épaississement du sang et les AMP chez M. rosenbergii.