Recherche immunitaire
Libre accès
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Contexte Le genre flavivirus est inhabituellement vaste, comprenant plus de 70 espèces, dont plus de la moitié sont des agents pathogènes humains connus. Il comprend un ensemble d'agents infectieux cliniquement pertinents tels que les virus de la dengue, du Nil occidental, de la fièvre jaune et de l'encéphalite japonaise. Bien que ces agents pathogènes aient été étudiés de manière approfondie, il n'existe pas de vaccins sûrs et efficaces pour la majorité des flavivirus. Résultats Nous avons assemblé une base de données qui combine des données antigéniques des flavivirus, des outils d'analyse spécialisés et des flux de travail pour des analyses complexes automatisées axées sur des applications en immunologie et en vaccinologie. FLAVIdB contient 12 858 entrées de séquences d'antigènes de flavivirus, 184 épitopes de lymphocytes T vérifiés, 201 épitopes de lymphocytes B vérifiés et 4 structures moléculaires représentatives de la protéine d'enveloppe du virus de la dengue. FLAVIdB a été assemblé par collecte, annotation et intégration de données provenant de GenBank, GenPept, UniProt, IEDB et PDB. Les données ont été soumises à un contrôle qualité approfondi (élimination des redondances, détection des erreurs et consolidation du vocabulaire). Une annotation supplémentaire des caractéristiques fonctionnellement pertinentes sélectionnées a été réalisée en organisant les informations extraites de la littérature. La base de données a été incorporée dans un système d'exploration de données accessible sur le Web, combinant des outils d'analyse de données spécialisés pour une analyse intégrée des catégories de données pertinentes (séquences protéiques, structures macromoléculaires et épitopes immunitaires). Le système d'exploration de données comprend des outils d'analyse de la variabilité et de la conservation, de prédiction des épitopes des cellules T et de caractérisation des composants neutralisants des épitopes des cellules B. FLAVIdB est accessible à l'adresse cvc.dfci.harvard.edu/flavi/ Conclusion FLAVIdB représente une nouvelle génération de bases de données dans lesquelles les données et les outils sont intégrés dans des infrastructures d'exploration de données spécifiquement conçues pour aider à la conception rationnelle de vaccins par la découverte de cibles vaccinales.