Recherche immunitaire
Libre accès
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
John E Beaver, Philip E Bourne et Julia V Ponomarenko
Contexte : Les informations structurelles sur les épitopes, en particulier les structures tridimensionnelles (3D) des antigènes en complexe avec les récepteurs immunitaires, constituent une source précieuse de données pour l'immunologie. Ces informations sont disponibles dans la Protein Data Bank (PDB) et fournies sous forme organisée par l'Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB). Avec la croissance continue de ces données et l'importance de la compréhension des interactions au niveau moléculaire d'intérêt immunologique, il existe un besoin de nouveaux outils spécialisés de visualisation et d'analyse moléculaires. Résultats : L'EpitopeViewer est une application Java indépendante de la plate-forme pour la visualisation de la structure tridimensionnelle et de la séquence des épitopes et des analyses de leurs interactions avec les récepteurs spécifiques à l'antigène du système immunitaire (anticorps, récepteurs des cellules T et molécules du CMH). Le visualiseur restitue à la fois des vues 3D et des tracés bidimensionnels des interactions intermoléculaires entre l'antigène et le(s) récepteur(s) en lisant des données organisées à partir de l'IEDB et/ou calculées à la volée à partir des coordonnées atomiques à partir de la PDB. Les vues 3D et les interactions associées peuvent être enregistrées pour une utilisation et une publication ultérieures. L'EpitopeViewer est accessible à partir du site Web de l'IEDB http://www.immuneepitope.org via le lien rapide « Parcourir les enregistrements par structure 3D ». Conclusion : L'EpitopeViewer est conçu et testé pour être utilisé par des immunologistes ayant peu ou pas de formation en graphisme moléculaire. L'EpitopeViewer peut être lancé à partir de la plupart des navigateurs Web courants sans intervention de l'utilisateur. Un environnement d'exécution Java (RJE) 1.4.2 ou supérieur est requis