Sécurité médicale et santé mondiale
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Abstrait

Surveillance épidémiologique chez les animaux réservoirs

Paulo Vitor Marques Simas

La clé du contrôle des maladies infectieuses émergentes est d'effectuer une surveillance épidémiologique active pour identifier les principaux animaux réservoirs sains dans chaque écosystème. En ce sens, l'espèce de chauve-souris Tadarida brasiliensis est largement distribuée sur le continent américain et l'espèce est présente dans les zones les plus peuplées du Brésil. Cette espèce est adaptée aux zones urbaines, permettant le contact et la propagation de plusieurs agents viraux aux humains, aux animaux domestiques et de production. Certaines familles virales comme le Coronavirus (CoV) se distinguent par une surveillance sanitaire et épidémiologique, car des souches virales hautement pathogènes ont évolué à partir des chauves-souris comme le SRAS en 2002, le MERS en 2013 et probablement l'épidémie actuelle de SRAS-2. L'objectif est de caractériser l'espèce de Coronavirus et ses relations phylogénétiques en utilisant la métagénomique virale chez l'espèce de chauve-souris T. brasiliensis, une espèce typique distribuée dans les Amériques. Nous avons utilisé des écouvillons anaux et oraux d'échantillons de chauves-souris collectés dans la forêt de Jequitibás, région centrale de la ville de Campinas, État de São Paulo, Brésil en 2011. Les échantillons ont été soumis au séquençage Next Gen (NGS) à l'aide de la plateforme Illumina HiSeq 2500. Les analyses phylogénétiques ont été réalisées dans MEGA. La recherche de similarité BLAST a été menée à partir de différentes bases de données et des correspondances ont été obtenues avec des séquences d'origine virale d'un grand intérêt pour la surveillance sanitaire comme l'Alphacoronavirus non classé. Les analyses phylogénétiques uniquement pour les correspondances de coronavirus comprenaient des séquences représentatives de tous les genres de la sous-famille des Orthocorovirinae - alpha, bêta, gamma et deltaCoV et ont été réalisées à l'aide de méthodes de vraisemblance maximale (ML) et de neighbor-joining (NJ). Nous identifions des séquences phylogénétiquement apparentées à AlphaCoV-like, Appalachian Ridge Cov.2, Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV), HCoV-NL63, Bat Coronavirus 1B, les virus importants pour la santé. Un échantillon a été validé par RT-PCR et séquençage Sanger et était similaire au PEDV. Compte tenu de l'impact zoonotique de nombreux CoV, nos résultats contribuent grandement à une meilleure compréhension de l'éco-épidémiologie moléculaire dans l'évolution de ces agents viraux avant que les épidémies ne se propagent.