Transcriptomique : libre accès
Libre accès
ISSN: 2329-8936
ISSN: 2329-8936
Ashoktar
La truite des neiges (Schizothorax richardsonii) est endémique de la région himalayenne de haute altitude et prospère dans un large régime thermique (0-27°C). L'espèce peut être utilisée comme espèce modèle pour étudier la réponse au stress abiotique et biotique des espèces de poissons d'eau froide. Dans la présente étude, nous avons comparé les transcriptomes hépatiques de S. richardsonii soumis à Aeromonas hydrophilla (Ah+) et soumis à un test de simulation (Ar-). La base de données du transcriptome de l'espèce a été développée avec une cascade de gènes différentiellement exprimés liés au système immunitaire en utilisant le séquençage de l'ARN (2×100 pb paired-end) réalisé sur la plateforme de séquençage Illumina 2000. Parmi 50 453 unigènes obtenus à partir de l'assemblage de novo, 24 464 unigènes ont été annotés, parmi lesquels 82 unigènes étaient associés à des gènes de réponses immunitaires. Français Il y avait 265 unigènes exprimés différemment (189 régulés à la hausse et 75 régulés à la baisse) dans le groupe Ah+ par rapport au groupe Ah. La majorité des gènes impliqués dans la régulation immunitaire au cours de la pathogenèse bactérienne sont liés à la région extracellulaire, à l'intégrité de la membrane, à la liaison ionique, à la transduction du signal, au traitement et à la présentation de l'antigène, au complexe protéique de classe I du CMH, etc. En particulier, 15 unigènes associés à la réponse immunitaire et 9 unigènes liés aux termes d'ontologie des gènes de transduction du signal étaient significativement dérégulés dans le groupe soumis à une infection bactérienne. Quatre gènes immunitaires, l'interleukine 1β1, la prostaglandine-endoperoxyde synthase 2a et 2b et le domaine de répétition de l'ankyrine, se sont révélés très actifs contre A. hydrophilla. La présente étude fournit un aperçu préliminaire des changements possibles au niveau moléculaire de ce poisson modèle potentiel lors d'une infestation pathogène.