Journal des antiviraux et des antirétroviraux
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Abstrait

Détection d'un nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) par réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse en temps réel, Chine, 2020

Huahua Feng, Honglong Wu, Huagui Wang, Jianying Yuan, Lu Chen, Hui Jin, Lingling Yang, Jinyin Zhao*, Licheng Liu*, Weijun Chen*

Contexte : Lors de l’épidémie de pneumonie inexpliquée dans la ville de Wuhan fin décembre 2019, un nouveau coronavirus nommé SARS-CoV-2 a été identifié comme la cause de cette épidémie.

Méthodes : Une réaction en chaîne par polymérase en temps réel, qui cible le gène orf1ab du génome viral, a été établie pour détecter et identifier le SARS-CoV-2. Nous avons utilisé ce test pour analyser 309 échantillons de personnes suspectées d'être infectées par le SARS-CoV-2 à Wuhan. Ensuite, 6 coronavirus à phylogénie proche et 7 virus susceptibles de provoquer une pneumonie ont été détectés. De plus, 57 échantillons cliniques infectés par d'autres virus et 77 échantillons sains ont également été testés.

Résultats : La limite de détection du test était de 6,25 copies par réaction dans la détection de l'ARNc transcrit in vitro . Les résultats de la détection des écouvillons de gorge et de selles de personnes suspectées d'être infectées par le SRAS-CoV-2 ont montré que les écouvillons de gorge étaient plus sensibles que les écouvillons de selles pendant les 15 premiers jours après l'apparition des symptômes (gorge : 56,80 %, selles : 30,43 %), tandis que la situation était inversée après 15 jours (gorge : 20,83 %, selles : 27,58 %). Et les tests de paires appariées ont suggéré que les échantillons d'expectorations avaient des charges virales plus élevées que les écouvillons de gorge chez les patients (P < 0,05). Français Aucune réaction croisée n'a été observée lorsque nous avons détecté la culture inactive de six autres coronavirus (coronavirus humain 229E, NL63, OC43, HKU1, SARS-CoV, MERS-CoV) et de sept autres virus (virus de la grippe A H1N1, virus de la grippe A H3N2, virus de la grippe B, virus parainfluenza 1, 2 et 3 ; et virus respiratoire syncytial). En outre, 27 échantillons de liquide de lavage broncho-alvéolaire de patients atteints de pneumonie infectés par le coronavirus humain 229E, OC43, HKU1 ou l'adénovirus humain 7, 30 écouvillons de gorge de patients infectés par le H1N1 et 77 écouvillons de gorge de personnes en bonne santé se sont révélés négatifs par ce test.

Conclusion : Les résultats ont indiqué que le test détectait spécifiquement et de manière sensible le SARS-CoV-2.