ISSN: 2471-9315
Fatah Tazerart, Jamal Saad, Muriel Militello, Sophie Alexandra Baron, Michel Drancourt*, Sylvain Godreuil*
Un échantillon de lavage bronchoalvéolaire a été prélevé par bronchoscopie chez un patient cambodgien de 25 ans suspecté de tuberculose clinique et a été inoculé dans un milieu de Löwenstein-Jensen. Des colonies d'une bactérie Gram positive non chromogène à croissance rapide et acido-résistante ont été étudiées. La microscopie électronique à balayage a montré des bacilles de 1,2 ± 0,29 μm de long et de 0,58 ± 0,07 μm de large qui n'ont pas pu être identifiés à l'aide de la spectrométrie de masse à temps de vol par désorption laser assistée par matrice et de tests phénotypiques de routine (tests API ® ZYM, API ® Coryne et Biolog ® Phenotype MicroArray). In vitro, l'isolat était sensible à l'isoniazide, à l'amikacine et au triméthoprime-sulfaméthoxazole. Le séquençage du génome entier a donné un génome préliminaire de 5 703 981 pb qui présentait une teneur en GC de 69,3 % avec 5 207 gènes codants pour des protéines et 56 gènes d'ARN prédits, dont 3 ARNr. La séquence rpoB présentait une similarité de séquence de 93 % avec celle de Mycobacterium parascrofulaceum dans le complexe Mycobacterium simiae. L'hybridation ADN-ADN dérivée de la séquence du génome, l'OrthoANI et les analyses pangénomiques ont confirmé que cet isolat représentait une espèce non décrite au sein du complexe M. simiae. Cette espèce a été nommée Mycobacterium cambodiensis d'après sa source d'isolement. L'isolat a été déposé à la Collection de Souches de l'Unité des Rickettsies (CSUR) sous le numéro CSURP9652.