Recherche immunitaire
Libre accès
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Duccio Cavalieri, Damariz Rivero, Luca Beltrame, Sonja I Buschow, Enrica Calura, Lisa Rizzetto, Sandra Gessani, Maria C Gauzzi, Walter Reith, Andreas Baur, Roberto Bonaiuti, Marco Brandizi, Carlotta De Filippo, Ugo D
Contexte : L'avènement de la biologie des systèmes s'est accompagné de l'essor des bases de données de voies. Actuellement, les voies sont définies de manière générique en fonction de l'organe ou du type de cellule où se produit une réaction. La spécificité du type cellulaire des réactions est le fondement de la recherche immunologique, et la capture de cette spécificité est d'une importance primordiale lors de l'utilisation d'analyses basées sur les voies pour déchiffrer des ensembles de données immunologiques complexes. Nous présentons ici DC-ATLAS, une ressource nouvelle et polyvalente pour l'interprétation de données à haut débit générées en perturbant le réseau de signalisation des cellules dendritiques (DC). Résultats : Les voies sont annotées à l'aide d'un nouveau modèle de données, le Biological Connection Markup Language (BCML), un format de données compatible SBGN développé pour stocker la grande quantité d'informations collectées. L'application de DCATLAS à l'analyse basée sur les voies du programme transcriptionnel des cellules dendritiques stimulées par des agonistes de la famille des récepteurs de type Toll permet une description intégrée du flux d'informations des capteurs cellulaires au résultat fonctionnel, en capturant la série temporelle d'événements d'activation en regroupant des ensembles de réactions qui se produisent à différents moments dans des modules fonctionnels bien définis. Conclusions : L'initiative améliore considérablement notre compréhension de la biologie des cellules dendritiques et des réseaux de régulation. Le développement d'une approche de biologie des systèmes pour le système immunitaire promet de traduire les connaissances sur le système immunitaire en stratégies d'immunothérapie plus efficaces.