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Abstrait

Rôle essentiel de la glycosylation dans la détermination de la longueur et de la structure des épitopes des cellules T

Tam?s G Szab?, Robin Palotai, P?ter Antal, Itay Tokatly, L?szl? T?thfalusi, Ole Lund, Gy?rgy Nagy, Andr?s Falus et Edit I Buz

Contexte : En utilisant une approche in silico combinée, nous avons étudié la glycosylation des épitopes et des autoantigènes des cellules T. La présente analyse de biologie des systèmes a été rendue possible par les bases de données actuellement disponibles (représentant les protéomes complets, les épitopes et les autoantigènes connus des cellules T humaines) ainsi que par les outils de prédiction de la glycosylation. Résultats : Nous avons analysé la glycosylation probable des séquences d'épitopes des cellules T humaines extraites de la base de données ImmuneEpitope. Notre analyse suggère que, contrairement aux entrées SwissProt de longueur complète, seule une partie minime des épitopes des cellules T vérifiés expérimentalement est potentiellement N- ou Oglycosylée (2,26 % et 1,22 %, respectivement). L'analyse bayésienne des entrées extraites de la base de données des autoantigènes suggère une corrélation entre la N-glycosylation et l'autoantigénicité. L'analyse des séquences générées aléatoirement montre que la probabilité de glycosylation est également affectée par la longueur du peptide. Nos données suggèrent que l'absence de glycosylation des peptides, une caractéristique qui favorise probablement la reconnaissance efficace par les cellules T, pourrait avoir entraîné un avantage sélectif pour que les peptides courts deviennent des épitopes de cellules T. La longueur des épitopes de cellules T se situe à l'intersection des courbes déterminant la spécificité et la probabilité de glycosylation. Ainsi, la plage de longueur des épitopes de cellules T naturels peut assurer la spécificité maximale avec la probabilité de glycosylation minimale. Conclusion : Les résultats de cette approche bioinformatique mettent en lumière les facteurs fondamentaux qui pourraient avoir façonné l'immunité adaptative au cours de l'évolution. Nos données suggèrent que l'hypo/non-glycosylation basée sur la séquence d'acides aminés de certains segments de protéines pourrait être importante pour déterminer l'immunité/l'auto-immunité des cellules T.