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Abstrait

Analyse complète des informations biologiques du gène PTEN dans le cancer

Hang Zhang†, Wenhan Zhou, Xiaoyi Yang, Shuzhan Wen, Baicheng Zhao, Jiale Feng, Bozhou Chen, Shuying Chen*

Contexte : PTEN était un gène suppresseur de tumeur multifonctionnel mutant à haute fréquence dans divers cancers. Cependant, son expression dans les gènes pan-cancéreux, les gènes corrélés, le pronostic de survie et les voies de régulation n'étaient pas complètement décrits. Ici, nous avons cherché à mener une analyse complète à partir des perspectives ci-dessus afin de fournir une référence pour l'application clinique. Méthodes : Nous avons étudié les niveaux d'expression dans les cancers en utilisant les données de la base de données TCGA et GTEx. Obtenir un diagramme en boîte d'expression à partir de la base de données UALCAN, effectué une analyse de mutation sur le site Web cBioportal, obtenu
des gènes de corrélation sur le site Web GEPIA, construit un réseau protéique et effectué une analyse d'enrichissement KEGG et GO sur la base de données STRING et effectué une analyse pronostique sur le site Web Kaplan-Meier Plotter. Nous avons également effectué une prédiction des facteurs de transcription sur la base de données PROMO et une association ARN-ARN/interaction ARN-protéine sur le serveur Web RNAup et RPISeq. La structure 3D du gène, la séquence protéique et le domaine conservé ont été obtenus auprès du NCBI.
Résultats : PTEN était sous-exprimé dans tous les cancers que nous avons étudiés. Il était étroitement lié au stade clinique des tumeurs, suggérant que PTEN pourrait être impliqué dans le développement et la progression du cancer. Les mutations de PTEN étaient présentes dans une variété de cancers, dont la plupart étaient des mutations de troncature et des mutations faux-sens. Parmi les cancers (KIRC, LUAD, THYM, UCEC, cancer gastrique, cancer du foie, cancer du poumon, cancer du sein), les patients avec une faible expression de PTEN avaient un temps de survie globale plus court et un pronostic de survie globale plus sombre. La faible expression de PTEN peut provoquer la détérioration de la RFS dans certains cancers (TGCT, UCEC, LIHC, LUAD, THCA), suggérant que l'expression de PTEN était liée au pronostic clinique. Notre étude a identifié des gènes corrélés à PTEN et a effectué une analyse d'enrichissement GO sur 100 gènes liés à PTEN obtenus à partir du site Web du GEPIA. Conclusion : La compréhension du gène PTEN et l'exploration approfondie de ses voies de régulation associées peuvent fournir des informations pour la découverte de biomarqueurs spécifiques aux tumeurs et de cibles thérapeutiques cliniques potentielles.