Journal d'immunologie clinique et cellulaire
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Abstrait

Analyses comparatives des technologies de typage HLA à basse, moyenne et haute résolution pour les populations humaines

Malali Gowda, Sheetal Ambardar, Nutan Dighe, Ashwini Manjunath, Chandana Shankaralingu, Pradeep Hirannaiah, John Harting, Swati Ranade, Latha Jagannathan et Sudhir Krishna

Les gènes codant pour l'antigène leucocytaire humain (HLA) font partie du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) sur le chromosome humain 6. Cette région est l'une des régions les plus polymorphes du génome humain. La connaissance préalable des polymorphismes alléliques HLA est cliniquement importante pour faire correspondre le donneur et le receveur lors d'une transplantation d'organe/tissus. Les informations alléliques HLA sont également utiles pour prédire les réponses immunitaires à diverses maladies infectieuses, troubles génétiques et maladies auto-immunes. L'Inde abrite plus d'un milliard de personnes et sa population est inexploitée pour la diversité allélique HLA. Dans cette étude, nous avons exploré et comparé trois méthodes de typage HLA pour la population sud-indienne, en utilisant des amorces spécifiques de séquence (SSP), NGS (Roche/454) et des plateformes de séquençage à molécule unique (PacBio RS II). Plus de 1020 échantillons d'ADN ont été typés à faible résolution en utilisant la méthode SSP pour déterminer les principaux allèles HLA au sein de la population sud-indienne. Ces études ont été suivies d'un typage HLA à résolution moyenne de 80 échantillons basé sur des séquences exoniques sur le système de séquençage Roche/454 et d'un typage à haute résolution (6-8 chiffres) de 8 échantillons pour les allèles HLA des gènes de classe I (HLA-A, B et C) et des gènes de classe II (HLA-DRB1 et DQB1) à l'aide de la plateforme PacBio RS II. Les longues lectures délivrées par la technologie SMRT couvraient les gènes/allèles de classe I et de classe II sur toute la longueur dans des lectures contiguës, y compris les régions non traduites, les exons et les introns, qui ont fourni des informations SNP en phase. Nous avons identifié trois nouveaux allèles à partir des données PacBio qui ont été vérifiés par séquençage Roche 454. Il s'agit de la première étude de cas de typage HLA utilisant les technologies NGS de deuxième et troisième génération pour une population indienne. La plateforme PacBio est une plateforme prometteuse pour le typage HLA à grande échelle afin d'établir une base de données HLA pour les populations ethniques inexploitées de l'Inde.