Recherche immunitaire
Libre accès
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Martin J Blythe, Qing Zhang, Kerrie Vaughan, Romulo de Castro Jr, Nima Salimi, Huynh-Hoa Bui, David M Lewinsohn, Joel D Ernst, Bjoern Peters et Alessandro Sette
Contexte : La tuberculose, causée par la bactérie Mycobacterium tuberculosis, reste l'une des principales causes de morbidité et de mortalité par maladies infectieuses et est responsable de plus de 2 millions de décès par an. Les rapports sur les souches extrêmement résistantes aux médicaments (XDR) ont encore accru le sentiment d'urgence pour le développement de nouvelles stratégies de prévention et de traitement de la tuberculose. Une connaissance détaillée des épitopes reconnus par les réponses immunitaires peut aider au développement de vaccins et de diagnostics et fournit des outils importants pour la recherche fondamentale. L'analyse des données sur les épitopes correspondant à M. tuberculosis peut également identifier des lacunes dans nos connaissances et suggérer des domaines potentiels de recherche et de découverte supplémentaires. La base de données sur les épitopes immunitaires (IEDB) est compilée principalement à partir de sources documentaires et décrit un large éventail d'organismes sources, notamment M. tuberculosis et d'autres espèces de mycobactéries. Description : Une analyse complète des données de l'IEDB concernant le genre Mycobacteria a été réalisée. La distribution des épitopes des anticorps/cellules B et T a été analysée en termes de fonction effectrice de type de cellule de reconnaissance associée et de propriétés chimiques. Les différentes espèces, souches et protéines dont l'épitope est dérivé ont également été examinées. D'autres variables prises en compte étaient l'hôte dans lequel les épitopes ont été définis, l'état spécifique de la tuberculose associé à la reconnaissance de l'épitope et le HLA associé à la sensibilité à la maladie et aux régions endémiques. Enfin, sur la base de ces résultats, des ensembles de données de référence standardisés d'épitopes mycobactériens ont été générés. Conclusion : Toutes les données actuelles sur les épitopes liés à la tuberculose ont été cataloguées pour la première fois à partir de la littérature publiée. L'inventaire résultant de plus d'un millier d'épitopes différents devrait s'avérer un outil utile pour la communauté scientifique au sens large. Des lacunes dans les connaissances spécifiques aux données sur les épitopes de la tuberculose ont également été identifiées. En résumé, peu d'épitopes non peptidiques ou modifiés post-traductionnellement ont été définis. Plus important encore, les épitopes n'ont apparemment été définis que sur 7 % de tous les ORF, et les 30 antigènes protéiques les plus fréquemment étudiés contiennent 65 % des épitopes, laissant la majorité du génome de M. tuberculosis inexplorée. Il existe également un manque évident d'informations sur les souches spécifiques dont sont issus les épitopes. Enfin, la création de listes de référence d'épitopes mycobactériens devrait également faciliter les recherches futures sur les vaccins et les diagnostics.