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Abstrait

Propriétés biophysiques des acides aminés dans la prédiction statistique de la liaison peptide-CMH de classe I

Surajit Ray et Thomas B Kepler

Contexte : Une étape clé dans le développement d'une réponse immunitaire adaptative aux agents pathogènes ou aux vaccins est la liaison de courts peptides aux molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) pour présentation aux lymphocytes T, qui sont ainsi activés et se différencient en cellules effectrices et mémoires. La conception rationnelle des vaccins consiste en partie à identifier les peptides appropriés pour effectuer ce processus. Il existe plusieurs algorithmes actuellement utilisés pour faire de telles prédictions, mais ils sont limités à un petit nombre de molécules du CMH et ont un pouvoir de prédiction bon mais imparfait. Résultats : Nous avons entrepris une exploration du pouvoir obtenu en tirant parti d'une représentation naturelle des acides aminés en termes de propriétés biophysiques. Nous avons utilisé plusieurs classificateurs statistiques bien connus utilisant soit un codage naïf des acides aminés par leur nom, soit un codage par leurs propriétés biophysiques. Dans tous les cas, le codage par les propriétés biophysiques conduit à une erreur de classification considérablement plus faible. Conclusion : La représentation des acides aminés à l'aide de quelques propriétés biophysiochimiques importantes fournit une base naturelle pour représenter les peptides et améliore considérablement la prédiction de la liaison peptide-CMH de classe I.