Techniques avancées en biologie et médecine
Libre accès

Abstrait

Progrès dans l'utilité des microréseaux pour la détection et le suivi des microbes d'origine alimentaire à l'ère de la génomique

Baoguang Li, Isha R Patel, Ben D Tall et Christopher A Elkins

Les épidémies causées par des microbes d'origine alimentaire posent de graves problèmes de santé publique et de sécurité alimentaire dans le monde entier. Il existe une forte demande de méthodes rapides, sensibles et à haut débit pour détecter et suivre ces agents pathogènes dans les aliments, l'eau et d'autres environnements. Les progrès récents de la technologie génomique de l'ADN ont permis des analyses à haut débit des souches en capturant le contenu génomique total des souches et en comparant les phylogénies. Les puces à ADN sont particulièrement adaptées pour extraire de grandes quantités d'informations sur la séquence d'ADN génomique, telles que le(s) gène(s) ou les traits génétiques de centaines d'isolats d'origine alimentaire en une seule expérience. Ainsi, au cours des deux dernières décennies, la technologie des puces à ADN a énormément progressé en raison de l'accessibilité à des milliers de génomes microbiens complets et préliminaires et ces progrès ont conduit à la conception et à la fabrication de nouvelles puces à ADN qui peuvent désormais identifier les variations de séquence génétique jusqu'à un seul polymorphisme nucléotidique. La puce à ADN reste un outil utile pour une analyse génomique rapide et affinée des microbes d'origine alimentaire. Dans cette revue, nous concentrerons principalement notre discussion sur la détection des agents pathogènes, l’identification des sérotypes et le suivi de la diversité génétique et de la source de contamination des souches respectives d’origine alimentaire grâce à notre expérience de première main dans l’utilisation de cette technologie.