Journal des antiviraux et des antirétroviraux
Libre accès
ISSN: 1948-5964
ISSN: 1948-5964
Asit K. Chakraborty
Nous avons précédemment prédit la protéine Nsp2 du virus Corona comme ARN topoisomérase par l'homologie des acides aminés entre l'ADN topoisomérase IA/IV de Vibrio haemolytica ainsi que l'ADN primase, l'ADN gyrase et l'ADN topoisomérase IB bi-sous-unité de Trypanosoma brucei. De nombreuses ADN topoisomérases I/III ont une activité d'ARN topoisomérase et ces enzymes omniprésentes sont conservées et impliquées dans la régulation de la réplication et de la transcription. Nous avons vérifié ici le profil mutationnel de l'ARN topoisomérase Nsp2 en analysant >10000 orf 1a 4405 acides aminés de longueur de polyprotéine du virus Corona. Les protéines mutantes ont été sélectionnées par recherche BLAST avec une similarité de séquence de 99,84 % et une portion de 181 à 818 aa de la protéine NsP2 (protéine id. QIU82057) a été analysée à l'aide du logiciel CLUSTAL Omega. Nous avons trouvé 26 mutations différentes où la plupart des changements ont été sélectionnés à l'isoleucine et à l'alanine en valine ou en leucine en phénylanaline, mettant en évidence la nature conservée de l'ARN topoisomérase du virus Corona. Des mutations non-sens majeures très abondantes ont été trouvées à I120F (isoleucine en phénylalanine). Les autres mutations importantes étaient R27C, I198V, T85I, L410F, I559V et P583S. La mutation I120F était abondante dans les isolats australiens et sa propagation a été observée au Bangladesh et dans d'autres pays comme les États-Unis. Nous suggérons qu'une mutation abondante I120F de la topoisomérase Nsp2 peut augmenter la transmission du virus Corona en stabilisant la structure de l'ARN pour un conditionnement efficace du virus. Il est intéressant de noter que de telles mutations ont été trouvées en association avec la mutation D614G de la protéine Spike, connue pour augmenter l'infectiosité de plus de 70 %. Au contraire, tous les mutants P583S Nsp2 analysés n'avaient pas de mutation concomitante de la protéine de pointe D614G. De nombreuses mutations silencieuses (5 à 7) ont été détectées par une analyse du génome entier, mais aucune mutation de la protéine Spike N501Y. Il s'agit du premier rapport qui prédit un lien entre une plus grande transmission du coronavirus et la mutation I120F de la protéine Nsp2 et qui pourrait être important pour découvrir de nouveaux médicaments antiviraux.