Journal d'immunologie clinique et cellulaire
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Abstrait

Analyse phylogénomique du modèle de transmission du VIH parmi les groupes à haut risque du nord-ouest de l'Inde

Chandar Kanta Chauhan, PVM Lakshmi1, Phulen Sarma, Vivek Sagar, Aman Sharma, Sunil K.Arora, Rajesh Kumar*

Contexte : Les techniques moléculaires peuvent améliorer la capacité des enquêtes épidémiologiques à retracer les réseaux de transmission du VIH. Ces informations pourraient être utiles pour élaborer des stratégies de prévention de la transmission du VIH. Par conséquent, nous avons mené une étude sur les modes de transmission parmi les nouveaux cas de VIH diagnostiqués dans les groupes à haut risque (HRG) du nord-ouest de l'Inde en utilisant des méthodes phylogénomiques.

Méthodes : Une analyse phylogénomique a été réalisée sur 37 échantillons sélectionnés au hasard de HRG récemment infectés identifiés par l'algorithme de test des infections récentes (RITA) en utilisant le test d'avidité antigénique limitante. L'amplification de la région de transcriptase inverse du gène pol (540 paires de bases) et le séquençage ont été effectués. Les séquences de référence ont été extraites de la base de données HIV Los Alamos. Les séquences alignées par Clustal W et le sous-type du VIH-1 ont été déterminées sur la base de l'analyse phylogénomique de la séquence pol. Les arbres phylogénétiques ont été construits à l'aide de MEGA (version 11.0).

Résultats : La phylogénie montre clairement que les isolats étudiés RTFSWCHD et RTFSWPB007 se regroupent et sont apparentés aux séquences de référence indiennes AY746371 et EU683781 et à une séquence népalaise KX430115. Les autres isolats étudiés (RTFSWCHD001, RTFSWPB005, RTFSWCHD002, RTFSWPB006, RTFSWHR008, RTFSWHR009) se regroupent de manière unique entre eux sans aucun lien avec d'autres références. Un isolat étudié (RTFSWHP004) se regroupe étroitement avec l'isolat zimbabwéen AY998351. La phylogénie montre que l'isolat MSMCHD005 étudié se classe séparément des références indiennes (DQ838761, EU683781 et AY746371), mais est également très étroitement lié aux références de Chine (HG421606, JQ658754), du Népal (JN023039) et du Myanmar (N223216, JN223183, KC913773). D'autres isolats étudiés (MSMCHD003, MSMHP007, MSMCHD004, MSMPB001, MSMPB002 et MSMHR006) sont fortement interdépendants entre eux et forment ensemble un clade unique distinct. L'arbre évolutif montre que toutes les séquences de l'étude actuelle formaient une lignée monophylétique, c'est-à-dire que les séquences de l'Inde se regroupaient plus qu'avec les séquences de tout autre pays. Les séquences étudiées n'ont montré de parenté qu'avec les références népalaises KX430115 et JN023035. Les références sud-africaines, britanniques, norvégiennes, chinoises et birmanes sont regroupées dans un clade distinct.

Conclusion : Les méthodes épidémiologiques moléculaires ont permis de révéler des réseaux de transmission ; par conséquent, les méthodes phylogénomiques peuvent être utilisées dans la surveillance sentinelle du VIH pour surveiller les réseaux de transmission.