Chimiothérapie : Libre accès
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Abstrait

Une nouvelle stratégie pour identifier la différence de niveau d'ARNm 3' UTR et d'ARNm dans la maladie de Crohn

Tuo Hu, Hua-shan Liu, Chi Zhou, Xian-rui Wu, Yu-feng Chen, Xuan-hui Liu, Xiao-wen He, Yi-feng Zou, Xiao-sheng He, Xiao-jian Wu, Ping Lan et Jia Ké

Résumé Contexte et objectifs : La maladie de Crohn (MC) est une maladie inflammatoire intestinale chronique et réfractaire. La région 3' non traduite (3' UTR) du transcrit d'ARNm peut réguler son propre processus de traduction après la transcription, et son rôle dans la MC reste flou. Le but de cette étude était d'identifier les gènes critiques influençant le phénotype de la MC via la régulation de l'ARNm 3' UTR. Méthodes : Le modèle de changement structurel isoforme (IsoSCM) a été utilisé pour évaluer la longueur de 3' UTR de l'ensemble du transcriptome à partir d'une base de données en ligne de MC basée sur l'ARN-seq. Les corrélations entre la longueur de 3' UTR et le niveau d'ARNm ont été analysées par des coefficients de Spearman. La liste des gènes corrélés a été superposée à la liste des gènes critiques liés à la MC publiée. Des analyses univariées et multivariées ont été réalisées pour identifier les gènes associés au phénotype de la MC. Résultats : Comparativement au contrôle normal, 3′ UTR de 34192 gènes ont été raccourcis et 57389 ont été allongés parmi les 432784 gènes chez les patients atteints de MC. Les modifications 3′ UTR de 255 gènes se sont avérées significativement corrélées à leur niveau d'ARNm. De plus, 8 gènes chevauchés étaient partagés par plus de 255 gènes corrélés et une liste de gènes connus liés à la MC (ABCB1, FAF1, TUT2, IL27, JAK2, LTB, NAGLU et PTPN2). Le niveau d'ARNm d'ABCB1 et JAK2, et la longueur 3′ UTR raccourcie du transcrit JAK2 se sont avérés corrélés à un ulcère profond chez les patients atteints de MC par analyse univariée et multivariée. Conclusions : Les modifications 3′ UTR des gènes liés à la MC se sont avérées être liées au phénotype de la MC. Nos résultats pourraient apporter un éclairage supplémentaire sur les mécanismes épigénétiques et les stratégies thérapeutiques de la MC.