Recherche immunitaire
Libre accès
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Marie-Paule Lefranc, Pier-Luigi Lollini, Santo Motta
Contexte : La biologie évolue rapidement vers le cercle vertueux des autres disciplines : des données à la modélisation quantitative et retour aux données. Les modèles sont généralement développés par des mathématiciens, des physiciens et des informaticiens pour traduire les connaissances biologiques qualitatives ou semi-quantitatives en une approche quantitative. Pour éliminer la confusion sémantique entre la biologie et les autres disciplines, il est nécessaire de disposer d'une liste des concepts les plus importants et les plus fréquemment utilisés définis de manière cohérente. Résultats : Nous proposons un nouveau paradigme pour générer de nouveaux concepts pour une ontologie, en partant du modèle plutôt que de développer une base de données. Nous appliquons cette approche pour générer des concepts pour l'interaction entre cellules et molécules à partir d'un modèle basé sur des agents. Cet effort fournit une infrastructure solide qui est utile pour surmonter les ambiguïtés sémantiques qui surgissent entre les biologistes et les mathématiciens, les physiciens et les informaticiens, lorsqu'ils interagissent dans un domaine multidisciplinaire. Conclusions : Cet effort représente la première tentative de lier l'ontologie moléculaire à l'ontologie cellulaire, dans IMGTONTOLOGY, l'ontologie bien établie en immunogénétique et en immunoinformatique, et un paradigme pour la biologie des sciences de la vie. Avec l'utilisation croissante de modèles en biologie et en médecine, le besoin de communiquer à différents niveaux, des molécules aux cellules en passant par les tissus et les organes, devient de plus en plus important.