Techniques avancées en biologie et médecine
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ISSN: 2379-1764
ISSN: 2379-1764
Elodie Rance, Jing Hu, Jérôme E Tanner et Caroline Alfieri
La capacité à distinguer les structures secondaires et tertiaires, telles qu'elles sont présentes dans leur état natif au sein du génome des virus à ARN, est une première étape essentielle pour élucider le processus de réplication de ces virus. Le génome du virus de l'hépatite C (VHC) est composé d'un ARN simple brin (+) dont la réplication est contrôlée principalement par la région 3'-non traduite (3'UTR). La 3'UTR comprend une région variable spécifique au génotype (VR), une répétition poly (U/UC) et une séquence conservée de 98 bases appelée queue X. Bien que des modèles structurels de la 3'UTR issus d'analyses biochimiques in vitro aient été proposés, sa structure native en tant que partie du génome viral complet existant dans l'environnement intracellulaire est incertaine. Afin de cartographier les structures natives d'ARN double brin (ds) et simple brin (ss) contenues dans la 3'UTR du génome complet, nous avons réalisé un marquage chimique in situ en combinaison avec une RT-qPCR dirigée. Les résultats indiquent que l'ARN simple brin est prédominant dans les séquences répétées VR-poly (U/UC), tandis que les éléments d'ARN double brin sont limités à la queue X. Le marquage chimique in situ a également permis d'identifier un élément d'ARN double brin unique situé dans la région de répétition VR-poly (U/UC) comprenant en partie des séquences situées à l'extérieur de la 3'UTR. Les résultats décrits ici constituent un premier rapport sur le sondage et la détection in situ de structures secondaires présentes dans la séquence 3'UTR du génome du VHC. L'utilisation d'agents modificateurs d'ARN intracellulaires pour délimiter l'ARN double brin et l'ARN simple brin, en combinaison avec la PCR pour amplifier des traces de l'ARN ciblé, a une application potentielle dans la cartographie des structures secondaires natives au sein d'ARN intracellulaires complexes.